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InterPro 数据库 InterPro 是个集成的数据库，目的是基于大多数普通的数据库之上，对蛋白质家族、结构域、功能位点等进行独特的、无冗余的描述。 Interpro 数据库集合了PROSITE、Pfam、PRINTS 、SMART 等数据库。由EBI开发，维护。 InterProScan InterPro 集成了14个 蛋白质数据库，最新版 含有5542个结构域， 12370个蛋白质家族。 （四）、蛋白质功能预测 2、通过数据库搜索蛋白质家族、保守结构域和 功能位点来预测蛋白质功能。 相关的数据库很多，以下主要介绍两个相对独立的数据库（PROSITE、SMART）和两个综合性数据库（InterPro Scan、CDD）。均可从ExPASy找到。 Pattern and profile searches InterProScan Sequence Search （四）、蛋白质功能预测 2、通过数据库搜索蛋白质家族、保守结构域和 功能位点来预测蛋白质功能。 相关的数据库很多，以下主要介绍两个相对独立的数据库（PROSITE、SMART）和两个综合性数据库（InterPro Scan、CDD）。均可从ExPASy找到。 All Resources （A-Z） Defensin_2，4e-07 （blastp 会自动搜索 CDD） Topology prediction （拓扑学预测） TargetP 蛋白质亚细胞定位 TargetP 1.1 Server 蛋白质亚细胞定位 SP（signal peptide） Loc S（Secretory pathway） RC（Reliability class, from 1 to 5） TPlen（Predicted presequence length） 3、信号肽（前导肽）与蛋白质定位 以下我们仍然利用ExPASy 来寻找相关工具 SignalP （信号肽分析） TargetP （蛋白质亚细胞定位） PSORT（蛋白质亚细胞定位） Topology prediction （拓扑学预测） PSORT 蛋白质亚细胞定位 PSORT 蛋白质亚细胞定位 发现信号肽 （1～23） N端可能在膜内 定位于细胞质 蛋白质序列分析 1、蛋白质序列检索 2、蛋白质序列比对 3、蛋白质基本性质分析 4、蛋白质功能预测 5、蛋白质结构预测 （四）、蛋白质功能预测 1、通过序列比对（如BLAST、FASTA）预测蛋白质功能。（注意打分矩阵的选择） 近缘关系比对 远缘关系比对 （四）、蛋白质功能预测 2、通过数据库搜索蛋白质家族、保守结构域和 功能位点来预测蛋白质功能。 相关的数据库很多，以下主要介绍两个相对独立的数据库（PROSITE、SMART）和两个综合性数据库（InterPro Scan、CDD）。均可从ExPASy找到。 相关概念 模体或指纹（motif，fingerprint） 属于蛋白质的超二级结构范畴，由两个或两个以上具有二级结构的肽段，在空间上相互接近，形成一个特殊的空间构象，并发挥专一的功能。 相关概念 超二级结构（supersecondary structure） 超二级结构是介于蛋白质二级结构和三级结构之间的空间结构，指相邻的二级结构单元组合在一起，彼此相互作用，排列形成规则的、在空间结构上能够辨认的二级结构组合体，并充当三级结构的构件。 相关概念 结构域（domain） 结构域是在二级结构或超二级结构的基础上形成的三级结构局部折叠区。其特点是在三维空间可以明显区分或相对独立，并且具有特定的生物学功能如结合小分子。模体（motif）可以看作是结构域的亚单位。一个结构域可包括一个或几个模体。 蛋白质家族（family） 具有一个或多个相同结构域的一组同源蛋白质称为一个蛋白质家族。 Protsite 数据库 Protsite 数据库是基于对蛋白质家族中同源序列多序列比对得到的保守性区域，这些区域通常与生物学功能有关，例如酶的活性位点、配体或金属结合位点等。 因此，Prosite 数据库实际上是蛋白质序列功能位点数据库。通过对Prosite 数据库的搜索，可判断该序列包含什么样的功能位点，从而推测其可能属于哪一个蛋白质家族。 PROSITE （Protein families and domains） 匹配到一个目标： Invertebrate defensins （无脊椎动物防御素） SMART