基于Java和XML的系统生物学可视化建模系统-物理电子学专业论文.docxVIP

华中科技大学硕士学位论文摘要 华中科技大学硕士学位论文 摘要 分子生物学领域的进步，基因组及相关计划的进展，使得生物学研究的重点逐渐 从分子水平转移到系统水平，系统生物学应运而生。生物体内成千上万的蛋白质参与 信号处理，构成了一个及其复杂的生物化学反应网络，使得我们很难阐明系统的结构 和动力学特性。因此，需要一个强大的建模软件来帮助生物学家构建生化反应网络模 型，并通过仿真软件来分析系统的运行机制。而现有的建模和仿真软件都存在一些不 足之处，比如操作不够方便，建立的模型无法得到共享和重用等。 本文提出了一种基于Java和XML的系统生物学建模系统BioDesigner的设计和 实现。BioDesigner提供了友好的可视化的用户界面，使得系统生物学研究者能够方便 地完成生化反应网络的建模工作。系统以直观的图形化方式显示网络，可以帮助生物 学家清楚地理解网络的结构；而建立的模型采用了系统生物学标记语言来进行描述， 所以能够在其它软件工具之间得到有效的共享和交换，以利用这些工具对模型进行仿 真和计算。 BioDesigner建模系统还实现了同一些常用的仿真和计算软件的整合与协作。本文 利用BioDesigner有效地建立了～个最小钙振荡模型，并利用多种工具进行仿真，从 而验证了模型的正确性和系统的实用性。 在系统的设计过程中，我们采用了面向对象的程序设计思想，以及Java结合XML 的技术路线，从而保证了系统具有良好的通用性和可扩展性。我们可以不断地修改和 扩充BioDesigner建模系统，以适应系统生物学研究的新的需求。 关键词：系统生物学面向对象建模Java XML 华中科技大学硕士学位论文======================================一一- 华中科技大学硕士学位论文 ======================================一一- ABSTRACT Recent progress of genomics and other related projects have enabled US to obtain massive amounts ofbiological data from living systems and led to the emergence and rapid development of systems biology．Systems biology aims understanding biological organisms as a whole system instead of isolated components．A living system Can be viewed as a chemical reaction network,but the structures and behaviors of biological systems are often SO complex that it is difficult to analyze the dynamics of a living system．Then the utilization ofcomputational studies．such as modeling and simulation,will be an important method in systems biology research． A powerful modeling softwa∞package carl effectively help US construct models of biochemical networks．However,current modeling tools have some limitations，such as the lack of convenience and interoperability of models constructed by them．While our modeling system．BioDesigner,offers a simple graphic llser interface,which allows users to specify a model∞a graphical network．And models constructed bY BioDesigner Can be exported in an XML-based common format,the Systems Biology Markup Language，SO they Can be transferred and shared in different s