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w06 -GWS结果分析
Genome-wide Association Study---GWAS;发展历史;什么是GWAS;分子标记;形态学标记;细胞学标记;生物标记;分子标记;第一代:限制性片段长度多态性
(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)
第二代:微卫星多态性(microsatellite)
第三代:SNP
SNP:Single Nucleotide Polymorphism,单核苷酸多态性
指同一位点不同等位基因
之间核苷酸的差异。;理论上讲,SNP既可能是二等位多态性,也可能是3个或4个等位多态性,但后两者非常少见,几乎可以忽略;
占所有已知多态性的90%以上;
SNP数目:目前,测得大约1500~3000万个SNP位点。
分为:同义SNP(synonymous SNP)和非同义SNP(non-synonymous SNP)。;SNPs的基因型;SNP;SNP作为遗传标记的优势;SNP概念界定;基因型和表型;SNP的检测;GWAS的目的;基本流程;关联分析;GWAS分类;GWAS分类;GWAS试验设计;质量控制;质量控制;质量控制;质量控制;质量控制;关联分析的理论基础;LD产生的??因;LD的度量;D’的意义;D’值的95%可信区间(95%);r2的意义;影响LD的因素;影响LD的因素;基于SNP的LD关联分析;基于SNP的LD关联分析;LD作图;LD 散点图;LD矩阵图(LD matrix);邻近LD窗口分析;关联检验的模型;关联检验的模型;关联检验的模型;关联检验的模型;关联检验的模型;关联检验;关联检验;关联检验;R在GWAS中的应用;The SNP association analysis;;The whole genome SNP association analysis;The SNP annotation and enrichment
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