基于混合核函数SVM的蛋白质相互作用预测方法.PDFVIP

第４２卷 第６期 福州大学学报（自然科学版） Ｖｏｌ．４２Ｎｏ．６ ２０１４年１２月 ＪｏｕｒｎａｌｏｆＦｕｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＥｄｉｔｉｏｎ） Ｄｅｃ．２０１４ ＤＯＩ：１０．７６３１／ｉｓｓｎ．１０００－２２４３．２０１４．０６．０８３４ 文章编号：１０００－２２４３（２０１４）０６－０８３４－０７ 基于混合核函数 ＳＶＭ的蛋白质相互作用预测方法 蔡丹莉，郭 红 （福州大学数学与计算机科学学院，福建 福州　３５０１１６） 摘要：针对蛋白质相互作用的预测问题，提出一种以余弦核和线性差值累加核为基核的对偶混合核函数ＳＶＭ 的蛋白质相互作用预测方法．该方法充分考虑了蛋白质的结构域特征，同时根据蛋白质相互作用数据应具有 顺序无关的特点，将“对偶”思想引入ＳＶＭ核函数中．对两个真实的蛋白质相互作用数据集ＹｅａｓｔＰＰＩ和Ｈｕｍａｎ ＰＰＩ的测试结果表明，提出的方法与其它方法相比能够有效地提高蛋白质相互作用预测的准确率．