核酸序相列分析.pptVIP

第四章 核酸序列分析 本章相关软件和其他上机资料，请在下周上机前从 swxswxxx@下载，提前做好上机准备。 4.1 常规分析 4.1.1 序列检索 （Entrez on NCBI, SRS on EMBL) 4.1.2 组分分析（碱基组成、分布，分子量） 4.1.3 序列变换（互补序列，反向序列，反向互补序列） 4.1.4 限制性酶切分析（寻找酶切位点） Bioedit 载入序列 输出结果 DNASTAR DNASTAR的EditSeq 复制粘贴载入序列 转换为反向序列 反向序列 反向互补序列 用DNAMAN对RGDV S8片段编码区进行限制性酶切分析 搜索查询序列 选择CDS 从文件载入序列 复制粘贴载入序列 限制性酶切进行参数设置 酶选择 结果分析 在线限制性酶切分析工具（例如NEBcutter） NEBcutter序列提交界面 分析结果 4.2比对分析 序列比对（sequence alignment) BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) BLAST子程序：BLASTN， BLASTP，BLASTX， tBLASTN，tBLASTX 相关数据库 BLAST主页（NCBI) 输入查询序列 双序列比对 BLAST2sequences (NCBI) 实例分析 比较RGDV S8广西分离物与泰国分离物序列（互补/重复/转作 现象）