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GW-analysis: an introduction Yong-Xiang Lin GW 基本流程 1. 获得相同基因家族的序列 2. 获得保守domain 3. 建库并使用已获得的保守domain进行同源 性搜索 4. 根据搜索结果提取相应序列 5. 使用pfam和smart进行验证并剔除不保守序 列 6. 剔除重复序列 7. 相似性比对构建进化树 如何构建数据库？ 如何根据得到的gene名获得相应的序列？ 如何验证搜到的基因是否具有保守domain？ 如何将候选基因进行基因组定位？ 定位作图软件MapInspect的使用 如何剔除重复序列？ 重复序列定位在基因组中相同的位置，并且序列同源性很高 看这些基因的起始和结束位置可一样（相差一百bp以内），使用同源性比对软件（Mega、ClusterX等）对所有序列进行比对，保留较长的并且domain保守的序列，剔除较短的序列。 如何构建进化树？ * OsIBCD003925 MMGSGMPHMYFASSSHGTGAHYQSPGGAPITMAVPDMGFLVAGIGMAPSSFVMPEGALAASYSAMATVPVGVVVPQQQSSRFGGNNGNPGSFKGAWTRQEDEVLKQMVILHGDRKWATIAKSLPGRIGKQCRERWTNHLRPDIKKDV