苦玄参转录组EST-SSR引物开发及群体遗传多样性分析.PDFVIP

中草药 Chinese Traditional and Herbal Drugs 第 50 卷 第 1 期 2019 年 1 月 • 195 • 苦玄参转录组 EST-SSR 引物开发及群体遗传多样性分析 1, 2, 3 1, 3 3, 4 3, 4 1, 3 1, 2* 1, 3, 4* 闫国跃 ，杨 帆 ，白燕远 ，李耀燕 ，吴梦丽 ，阿里穆斯 ，谢阳姣 1. 中央民族大学 民族医药教育部重点实验室，北京 100081 2. 中央民族大学药学院，北京 100081 3. 广西中医药大学瑶医药学院，广西 南宁 530001 4. 广西壮瑶药工程技术研究中心，广西 南宁 530001 摘 要：目的 研究 18 个苦玄参种群的遗传多样性及亲缘关系，为苦玄参的资源评价及开发利用提供依据。方法 采用 EST-SSR 引物开发技术，利用 SSR 分子标记，分析 18 个种群的遗传多样性，并基于遗传距离对其进行聚类分析，明确各种 群间的亲缘关系。结果 从 100 对 EST-SSR 标记中，筛选出具有多态性的引物 48 对。随机抽取 20 对具有多态性的引物对 18 个种群进行扩增，共扩增出 71 个等位基因，平均每对引物 3.55 个。各引物间多态位点百分数（P ）为 0～40.7% ，平均 19.9%；多态信息含量（PIC ）为0～0.794 1 ，平均0.397 7 ；Shannon 信息指数（I ）为0～1.814 3，平均0.808 4 。观测杂合 度（Obs_Het ）为0～0.442 3 ，平均值0.212 7；预期杂合度（Exp_Het ）变化范围0～0.826 9 ，平均值0.455 8 。18 个种群群 内近交系数（Fis ）值为−0.095 3～0.663 9 ，平均0.159 2 ；总群体内亚群间近交系数（Fit ）值为0.062 6～0.858 7 ，平均0.537 2 ； 遗传分化系数（Fst ）为0～0.686 ，平均0.449 6 。基因流（Nm ）在0.114 4～0.759 4 ，平均值为0.306 1 。各种群基因多样性指 数（Nei ）为0～0.401 6、I 为 0～0.620 9 ，广西梧州最高，云南普洱龙潭乡最低。云南景洪勐龙镇和云南景洪景哈乡遗传距 离最近，仅 0.031 9 ；广西龙州和云南勐海县打洛镇遗传距离最大，为0.963 8 。在遗传距离0.321 3 处，可将 18 个种群分成 4 个群体，其中广西 3 个种群归入同一群体，云南勐满镇、勐伦镇及勐遮镇归为同一个群体，第 3 个群体为云南勐海县勐宋 乡，其余种群归入第 4 个群体。结论 18 个种群遗传分化水平不一致，各种群杂合度差异较大。种群间 Nm 较小，群体基因 交换不大；群体内存在一定的近交率，种群亲缘关系受地理隔离影响较大。 关键词：苦玄参；SSR；引物开发；EST-SSR ；遗传多样性 中图分类号：R282.12 文献标志码：A 文章编号：0253 - 2670(2019)01 - 0195 - 08 DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2019.01.029 Transcriptomic EST-SSR primer development and genetic diversity analysis of Picria felterrae YAN Guo-yue1, 2, 3, YANG Fan1, 3, BAI Yan-yuan3, 4, LI Yao-yan3, 4, WU Meng-li1, 3, Borjigidai Almaz1, 2, 1, 3, 4 XIE Yang-jiao 1. Key Laboratory of Ethnomedicine, Ministry of Education, Minzu University of China, Beijing 100081, China 2. S