玉米穗行数的遗传关解析及主效qt对l krn4的克隆与功能分析.docx

研究生优秀毕业论文 玉米穗行数的遗传解析及主效QTL 玉米穗行数的遗传解析及主效QTL KRN4的克隆与功能分析 目 录 摘蓦E i Abstract ． ． ． ． ． ．．iii 略语表 ．、，i 1前言 一1 1．1玉米穗行数是重要的产量构成因子 一1 1．2玉米穗行数的形成与雌花花序发育密切相关 一1 1．3玉米花序发育突变体的遗传分析 一3 1．3．1控制玉米花序分生组织转换的重要基因 4 1．3．2控制玉米花序分生组织建成和维系的重要基因 5 1．3．3控制玉米花序分枝的重要基因 6 1．3．4参与玉米花序发育的miRNA及靶基因 ．7 1．4玉米复杂数量性状遗传解析的主要方法 8 1．4．1连锁分析与玉米数量性状QTL定位 ．．8 1．4．2关联分析与玉米复杂数量性状的全基因组解析 9 1．4-3结合连锁分析和关联分析解析复杂数量性状遗传基础 一11 1．5全基因组选择是作物遗传改良的发展方向 ．12 1．6研究目的与意义 ．1 3 2．1玉米穗行数的全基因关联分析 ．15 2．2多群体的穗行数QTL连锁分析 16 2．3玉米穗行数的全基因组预测(WGP) 17 2．4玉米穗行数主效QTLKRN4的近等基因系构建及表型分析 19 2．5 KRN4的精细定位和克隆 20 2．6候选基因的表达分析 ．20 2．7突变体的表型分析 。2l 2．8 KRN4位点的遗传多样性及分子进化研究 一21 万方数据 华中农业大学2015届博士研究生学位论文2．9 华中农业大学2015届博士研究生学位论文 2．9 KRN4位点育种价值的探究 ．．22 3结果与分析 ： 23 3．1玉米穗行数的全基因组关联分析 ．23 3．2穗行数QTL的连锁定位 29 3．3穗行数关联位点与穗行数QTL的共定位分析 33 3．4玉米穗行数的全基因组预测(WGP) 34 3．5利用高密度的SNP对KRN4位点的关联分析 37 3．6 KRN4位点近等基因系的构建及效应分析 一38 3．7 KRN4的精细定位和克隆 一4l 3．8 KRN4与UB3基因的表达和穗行数的关系分析 ．42 3．9 KRN4和UB3的序列多样性及控制穗行数功能位点分析 ．45 3．10 KRN4位点的分子进化研究 49 3．n玉米UB3突变体的表型分析 一54 3．12 KRN4优良单倍型的分子标记辅助选择(MAS) 57 4．1玉米穗行数的遗传基础 ．59 4．2玉米穗行数的全基因组预测 ．60 4．2．1全基因组选择参数的选取 6l 4．2．2标记密度对全基因预测准确性的影响 6l 4．2．3全基因组选择群体的亲缘关系和群体大小 63 4．3 KRN4调控UB3基因的表达进而影响玉米穗行数数量变异 ．63 4．3．1 KRN4调控UB3基因的表达影响玉米穗行数数量变异 63 4．3．2 KRN4可能通过远距离的顺式作用调控UB3基因表达 64 4．33 KRN4可能通过表达小RNA对UB3的表达进行反式调控 65 4．4 KRN4与UB3的遗传互作具有更大的遗传效应 ．66 4．5 KRN4位点是玉米驯化和遗传改良的选择靶点 ． ．66 4．6总结 一68 5参考文献 70 Ⅱ 万方数据 玉米穗行数的遗传解析及主效QTL 玉米穗行数的遗传解析及主效QTLK础4的克隆与功能分析 附录一Panel 1的513份自交系群体的详细信息 84 附录二玉米总DNA的小量提取,(CTAB法) 88 附录三PCR体系和程序 88 附录四PAGE胶制备和SSR PCR产物检测 88 附录五用于全基因组选择的54份杂交种的亲本信息 91 附录六种子胚乳DNA提取方法 92 附录七本实验所用的引物信息 ．93 附录八植物总RNA的提取 94 附录九植物总RNA纯化 94 附录十RNA的反转录 95 附录十一表达分析所用的引物信息 ．96 附录十二用于表达分析的38个自交系的信息 97 附录十三本研究所涉及的大刍草的材料信息 ．98 附录十四全基因组关联分析的Manhattan图 一100 附录十五KRN4位点重组单株的子代测验 101 附录十六在读期间发表及投稿论文 102 致谢 103 IlI 万方数据 玉米穗行数的遗传解析及主效QTL 玉米穗行数的遗传解析及主效QTL rOW4的克隆与功能分析 摘要 穗行数是玉米重要的产量构成因素，与玉米产量呈显著正相关。在玉米的驯化 和遗传改良过程中，穗行数受到强烈的选择。作为重要的数量性状，穗行数受到微 效多基因位点的控制，同时穗行数的发育是玉米花序发育的重要环节，受花序发育 相关基因的调控。本研究利用513个自交系的关联分析群体，和三个多亲本的连锁 分析群体，对玉米穗行数形成的遗传基础进行解析。采用全基因组选择的预测模型， 结合关联分析的结果