集合坐标温度加速的蛋白质分子动力学模拟-生物信息学专业论文.docxVIP

优秀毕业论文 精品参考文献资料 中国科学技术大学博士学位论 中国科学技术大学 博士学位论 集合坐标温度加速的蛋白质分子动 力学模拟 作者姓名： 胡岳 学科专业： 生物信息学 导师姓名： 刘海燕教授 完成时间： 二O一五年03月1 7日 万方数据 University University of S cience and Technology of China A Dissertation for Doctor，S Degree Col lective COOrd i nateS tem pe ratu re_-acce l e rated molecu lar dynam ics of protei ns Author’S Name： 物e HU speciality： Bioinf01Tnatics 一 Supervisor： Prof．Haiyan Liu 1 ‘●o f inished time： March 17，2015 万方数据 中国科学技术大学学位论文原创性声明本人声明所呈交的学位论文，是本人在导师指导下进行研究工作所取得的 中国科学技术大学学位论文原创性声明 本人声明所呈交的学位论文，是本人在导师指导下进行研究工作所取得的 成果。除已特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含任何他人已经发表或 撰写过的研究成果。与我一同工作的同志对本研究所做的贡献均已在论文中作 了明确的说明。 作者签名：二监 签字日期：2望2塑量叟竺 中国科学技术大学学位论文授权使用声明 作为申请学位的条件之一，学位论文著作权拥有者授权中国科学技术大学 拥有学位论文的部分使用权，即：学校有权按有关规定向国家有关部门或机构 送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅，可以将学位论文编入《中 国学位论文全文数据库》等有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描 等复制手段保存、汇编学位论文。本人提交的电子文档的内容和纸质论文的内 容相一致。 保密的学位论文在解密后也遵守此规定。 目公开 口保密(——年) 作者签名：±盐法 导师签名： 签字日期： 勘1 S Q￡Q啦 签字日期： 万方数据 摘要摘 摘要 摘 要 温度加速的分子动力学模拟(Temperature．Accelerated Molecular Dynamics or TAMD)可以有效地加速采样。在该方法中，引入了一系列的虚拟自由度， 同时耦合对应的物理自由度，放到高温下进行模拟。其他的物理自由度则放在 低温下进行模拟。由于虚拟自由度是在高温下模拟，这样他们具有更高的动能 以越过更高的势垒(同时带动耦合的物理自由度越过势垒)。对于整个体系，一 部分自由度处于高温，一部分自由度处于低温，整个体系偏离正则分布。原有 的方法没有给出恢复正则分布的框架。在绝热近似下，本文给出了恢复正则分 布和系综平均的方法。扩大集合运动(amplified collective motion or ACM)方法 是利用蛋白质各向异性的弹性网络模型，寻找蛋白质运动频率较慢的方向并进 行高温加速采样的方法。我们在这里把TAMD和ACM结合了起来，开发了 ACM．TAMD方法。利用温度加速的分子动力学模拟，我们还研究了配体从乳 糖阻遏蛋白质中解离的过程。 在第1章中，我们介绍了一些相关的概念，以及一些常见的加速／加强采样 的方法。 在第2章中，我们详细介绍了温度加速的分子模拟在绝热近似下恢复正则 分布和系综平均的方法。我们用正丁烷体系验证了该方法的准确性，用丙氨酸 二肽体系验证了该方法在加强采样和恢复系综平均、正则分布的方面的能力， 用GBl多肽验证了结合ACM后的ACM．TAMD方法的有效性。 在第3章，利用温度加速的分子动力学模拟，我们研究了配体从乳糖阻遏蛋 白的诱导物结合结构域分离的过程。运用TAMD方法，配体的解离可以在相对 短的模拟时间中观察到。这使得我们可以采样更多的解离轨迹，进行系统分析。 根据TAMD的绝热近似，除了一个自由度，其他所有的自由度都从室温下的正 则分布中进行了采样。因此，采样分布和常温下的正则分布是非常接近的，可 以进行有意义地统计分析。该工作用一种系统的方法来分析配体解离过程和各 种蛋白质构象的坐标波动之间的相关性。该分析方法利用了相对熵，允许对线 性和非线性相关性都加以考虑。将模拟和分析方法运用到乳糖阻遏蛋白(LacR) 的诱导物结合结构域，发现配体从这种蛋白质的分离过程中，主要与结合口袋 周围的几个残基侧链的构象波动相关。此外，所述二聚体蛋白的两个结合口袋 是动力学耦合的：诱导物占据一个结合口袋可以显著降低或减缓另外一个结合 口袋周围的动力学变化。 关键词：温度加速的分子动力学，扩大集合运动，绝热加权重新估计，正则分 万方数据 摘要布，系综平均，解离 摘要 布，系综平均，解