裂殖酵母dis312的结构与功能研究-结构生物学专业论文.docxVIP

优秀毕业论文 精品参考文献资料 摘要摘要 摘要 摘要 RNA外切核酸酶是修饰RNA的一个大的核酸酶家族，在许多生命活动过程中 发挥着重要作用。一方面RNA外切核酸酶可以通过降解多余的RNA来调节RNA 的丰度，并由此来监视RNA的代谢。同时，一些RNA前体分子也需要通RNA 外切核酸酶的剪切来形成成熟体。 Dis312是存在于高等真核生物中的RNA外切核酸酶，在RNA的降解过程中 发挥着重要的作用，它从3’往5’逐个地降解单核苷酸。Dis312位于细胞质中，在 基因上与一些在细胞质中参与RNA降解通路的分子有联系。例如，在小鼠胚胎 干细胞中Dis312通过降解尿苷化的pre—let-7来阻断1et一7 microRNAs的表达。人 源Dis312的突变可导致Perlman综合征，引起过增长并可引发Wilm’s肿瘤。另 有研究表明Dis312选择性降解尿苷化的RNA分子，这种活性可被腺苷化的RNA 分子所抑制。 随着最近几年Dis312功能和催化性质不断地被报道，很多研究组也在进行 Dis312结构生物学的研究。在2014年小鼠的Dis312一RNA复合物结构已经被解出 (PDB序列号4pmw)，该结构和之前解出的Rrp44一RNA复合物结构(PDB序 列号2nvu)以及RNase II-I冰A复合物结构(PDB序列号2ixl)都具有相似的 构象：三个OB折叠的结构域(CSDl，CSD2和S1结构域)位于负责催化的RNB 结构域的一侧，形成了RNA分子通道的入Lj，RNA底物从这个入口进入RNB 结构域的内部，从而到达催化RNA降解的活性位点。但是在这三个RNA复合 物的结构中，RNA通道还是有一些明显的差异。例如，酿酒酵母Rrp44的三个 OB折叠结构域所形成的通道相比于Dis312显得更窄，这是因为CSDs的柔性loop 在RNB以及S1结构域的距离上更为紧密，呈现一种关闭的状态；而在小鼠的 Dis312．RNA复合物结构中，三个OB折叠的结构域的取向形成一个特别的漏斗 状通道，使得RNA通道显得更加笔直和开放。 小鼠的Dis312．RNA复合物结构的解析首次阐述了Dis312这种外切酶和RNA 底物的作用方式，很好地解释了Dis312选择特异性结合尿苷酸链的原因。但是对 于Dis312的催化机理仍然还有很多问题有待挖掘。例如Dis312不结合RNA时的 构象，Dis3|2结合RNA的整体动态过程等。为了继续揭示Dis312的催化机制， 本人解析了2．3A的裂殖酵母Dis312的彳i含RNA底物的结构，该结构中CSDs的 取向和小鼠Dis312一RNA复合物结构中CSDs的取向出现了很大差别，位于RNB 结构域的侧面而远离RNB结构域上方的RNA通道入口。从不含RNA的Dis312 结构和Rrp44、RNAseⅡ两个同源物的RNA复合物结构的比较中也出现J，类似 万方数据 摘要差别。对这种构象上差别的可能原因分析结果表明，序列差异和晶体堆积对构象 摘要 差别。对这种构象上差别的可能原因分析结果表明，序列差异和晶体堆积对构象 差异的影响不大，而RNA的结合状态的不同是不结合RNA的Dis312结构和复 合物结构出现构象差别的主要原因。荧光偏振实验结果也显示RNB和S1参与最 初整个酶对RNA分子的结合；同时CSDs也参与结合的整个过程。结合结构比 对和突变体结合实验的结果可以推测，由于RNA的结合，Dis312可能会发生一 个明显的构象变化。 目前Dis312一RNA的结构只有小鼠的被解析出来，该工作解析出了首个不含 RNA的Dis312晶体结构。此外，该工作也同步解析裂殖酵母Dis312．RNA的结构， 来探究Dis312在结合RNA前后构象的变化。由于收到的复合物衍射数据分辨率 不高，最终解析出的复合物结构中只确定了四分之三的肽链的走向(不含CSDs)， 但是通过检验发现，在已有的复合物结构模型中，RNB和S1结构域的电子密度 和模型吻合度良好，这说明这两结构域的主链走向和空间大致位置是基本准确 的。现有的复合物模型和电子密度提供的信息，以及解析出来的裂殖酵母Dis312 结构模型一致表明，Dis312在结合RNA之前呈现一种较为开放的状态，CSDs偏 向RNB结构域的侧面而相聚S1结构域较远，结合RNA之后，CSDs会发生一定 角度的位置变化，和s1结构域一起形成钳状的结构来包裹住RNA分子，从而大 大提高Dis312对底物的亲和力。 关键词：外切核酸酶，RNA降解途径，exosome复合体，Dis312，RNA一蛋白相 互作用，结构域构象变化 万方数据 Abs仃 Abs仃act Abstract Exonucleases are large enzymes that participate in RNA proces