一种位点注释的蛋白质数据库用于磷酸化肽段的鉴定-色谱.PDF

２０１５年１月 Ｖｏｌ．３３ Ｎｏ．１ Ｊａｎｕａｒｙ ２０１５ ＣｈｉｎｅｓｅＪｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ １０～１６ 研究论文 ＤＯＩ：１０．３７２４／ ＳＰ．Ｊ．１１２３．２０１４．１００１９ 一种位点注释的蛋白质数据库用于磷酸化肽段的鉴定 １，２ １ １，２ １∗ １∗ 程　 凯 ，　 王方军 ，　 边阳阳 ，　 叶明亮 ，　 邹汉法 （１． 中国科学院分离分析化学重点实验室，中国科学院大连化学物理研究所， 国家色谱研究分析中心，辽宁 大连 １１６０２３；２． 中国科学院大学，北京 １０００４９） 摘要：磷酸化修饰的分析一直是蛋白质组学研究的热点之一。 在鸟枪法的蛋白质组学研究中，通过在数据库检索 中设定磷酸化为可变修饰可以直接鉴定磷酸化修饰的位点。 但是翻译后修饰的引入会增加数据检索空间，造成鉴 定灵敏度的降低。 为了解决这一问题，我们构建了一种位点注释的数据库，这种数据库包含蛋白质的磷酸化位点 信息，并开发了一种新的数据库检索策略用于磷酸化肽段的可靠鉴定。 用不同类型的数据作为分析对象，通过 Ｍａｓｃｏｔ检索软件对这种新的数据库检索策略进行了考察，证明了这种方法在保证鉴定结果可靠性的前提下提高 了磷酸化肽段鉴定的灵敏度。 关键词：蛋白质组学；磷酸化；检索空间；位点注释 中图分类号：Ｏ６５８　 　 　 文献标识码：Ａ　 　 　 文章编号：１０００⁃８７１３（２０１５）０１⁃００１０⁃０７ Ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ｐｈｏｓｐｈｏｐｅｐｔｉｄｅ ｂｙ ｓｅａｒｃｈｉｎｇ ａ ｓｉｔｅ ａｎｎｏｔａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ ｄａｔａｂａｓｅ １，２ １ １，２ １∗ １∗ ＣＨＥＮＧ Ｋａｉ ，ＷＡＮＧ Ｆａｎｇｊｕｎ ，ＢＩＡＮ Ｙａｎｇｙａｎｇ ，ＹＥ Ｍｉｎｇｌｉａｎｇ ，ＺＯＵ Ｈａｎｆａ （１．ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ ＳｃｉｅｎｃｅｆｏｒＡｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｄａｌｉａｎ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ ＣｈｅｍｉｃａｌＰｈｙｓｉｃｓ， ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｎａｔｉｏｎａｌ ＣｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｉｃＲｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄＡｎａｌｙｓｉｓ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｄａｌｉａｎ １１６０２３， Ｃｈｉｎａ；２． Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００４９，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｐｈｏｓｐｈｏｐｒｏｔｅｏｍｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｓ ｏｎｅ ｏｆ ｔｈｅ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｆｉｅｌｄｓ ｉｎ ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ． Ｉｎ ｓｈｏｔｇｕｎ ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ，ｐｈｏｓｐｈｏｐｅｐｔｉｄｅｓ ｃｏｕｌｄｂｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ｄｉｒｅｃｔｌｙ ｂｙ ｓｅｔｔｉｎｇｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ ａｓ ｖａｒｉａｂｌｅ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｄａｔａｂａｓｅ ｓｅａｒｃｈ． Ｈｏｗｅｖｅｒ，ｓｅａｒｃｈ ｓｐａｃｅ ｉｎｃｒｅａｓｅｓ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙ ｗｈｅｎ ｖａｒｉａｂｌｅ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ａｒｅ ｓｅｔ ｉｎ ｐｏｓｔ⁃ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ （ＰＴＭｓ） ａｎａ