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关联分析;在介绍关联分析之前，要先提出连锁不平衡的概念， 即连锁不平衡（linkage disequilibrium，LD） 指的是一个群体内不同座位等位基因之间的非随机关联,包括两个标记间或两个基因/QTL间或一个基因/QTL与一个标记座位间的非随机关联。 ;LD的度量通常用r2和D表示，即： D值是最早衡量LD的基本单位之一 D=0时，基因座A/B处于连锁平衡状态； D≠0时，基因座A/B处于连锁不平衡状态。 ; ; D=1时，表明两个位点在世代更替的过程中未发生基因重组、回复突变或基因转化等情况而分离的现象 D1时，则表明这两个位点之间发生过重组;1;1; 什么是关联分析？;关联分析的策略：; 全基因组扫描方法中,通常采用一定数量分布于基因组染色体上的标记对所选材料进行基因型鉴定； 而基于候选基因的关联分析仅涉及对目标候选基因进行序列分??。;针对特定群体,关联作图策略的选择及其分辨率取决于目标群体内的LD程度及等位基因或单体型的频率。 若某群体在很长的物理距离内存在LD,则全基因组扫描是最好的关联分析策略,因为采用这种策略可以减少所需标记的数量； 若某群体的LD在很短的物理距离内迅速衰退,则该群体适宜采用基于候选基因检测的高分辨率作图方法。;关联分析的步骤： 第一步:种质材料的选择,种质资源的选择对发掘优异等位基因