基于OpenMP的Winograd并行矩阵乘算法应用研究-计算机应用研究.PDFVIP

第２９卷第７期 计 算 机 应 用 研 究 Ｖｏｌ．２９Ｎｏ．７ ２０１２年７月　 ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒｓ Ｊｕｌ．２０１２ 基于ＯｐｅｎＭＰ的Ｗｉｎｏｇｒａｄ并行矩阵乘算法应用研究 阳光亮，李鸿健，豆育升，唐　红 （重庆邮电大学 高性能计算与应用研究所，重庆４０００６５） 摘　要：为了提高半经典分子动力学模拟中矩阵乘法效率，通过一种稀疏矩阵分解方法化简矩阵乘法，基于 ＯｐｅｎＭＰ实现矩阵相乘的Ｗｉｎｏｇｒａｄ并行算法。该算法将Ｗｉｎｏｇｒａｄ算法中各部分依次采用ＯｐｅｎＭＰ并行计算，降 低了数据通信。在１６核服务器上测试表明，该方法能够显著提高半经典分子动力学模拟中矩阵乘法效率，并行 加速比能够达到９．４７，并具有良好的可扩展性，为大分子体系的模拟提供了可能。 关键词：分子动力学；矩阵乘；Ｗｉｎｏｇｒａｄ；并行计算；加速比；ＯｐｅｎＭＰ 中图分类号：ＴＰ３９１．９