三种生物降解酶催化机理的理论研究物理化学专业论文.docxVIP

山东大学硕士学位论文3-2．2 山东大学硕士学位论文 3-2．2 QM／MM计算方法和软件 11 3．3结果与讨论 12 3．3．1反应复合物的结构 ．12 3．3．2反应机理 ．13 3．3．2．1第一个半反应 j 13 3．3．2．2第二个半反应 一15 3．3．3 Y160A突变体 17 3．3．4残基静电分析 。19 3．4结论 ．20 参考文献 ．．20 第四章2．吡喃酮．4，6．二羧酸水解酶反应机理的理论研究 ．23 4．1前言 ．23 4．2计算方法 24 4．2．1模型构建 ．24 4．2．2 QM／MM计算 ．25 4．3结果与讨论 ．．27 4．3．1 2一吡喃酮-4，6一二羧酸内酯酶的结构 ．．27 4．3．2反应路径 ．28 4．3．3突变分析 ．．30 4．3．3．1突变体H31N 31 4．3．3．2 Hl 80A突变体 ．33 4．4结{仑 ．34 参考文献 34 第五章2，4’一二羟基苯乙酮加双氧酶催化机理的理论研究 39 5．1前言 39 万方数据 山东大学硕士学位论文5．2计算方法 山东大学硕士学位论文 5．2计算方法 41 5．2．1模型预处理 ．41 5．2．2 QM／MM计算 ．41 5．3结果与讨论 42 5．3．1底物．酶．超氧复合物的本质 ： 42 5．3．2反应机理 ．45 5．3．2．1实验上提出的机理 ．．45 5．3．2．2根