马铃薯晚疫病抗性相关基因生物学通路构建及其在抗性中的作用分析蔬菜学专业论文.docxVIP

优秀毕业论文 精品参考文献资料 华中农业大学2016 华中农业大学2016届硕士研究生学位论文 2．7提取非冗余的基因 ．．11 2．8目标基因的K number的获得 11 2．9绘制每个基因所在的代谢通路的图谱 12 2．10与马铃薯晚疫病抗性相关的基因所在的代谢通路的统计分析 12 2．11 KEGG中对代谢通路的分级 12 2．12马铃薯晚疫病抗性相关基因的代谢航路图的绘制 ．12 2．13使用iTAK数据库进行激酶和转录因子分析 13 2．14 GO数据库对马铃薯晚疫病抗性相关基因的整理与分析 ．．13 第三章实验结果 15 3．1参与晚疫病抗性相关基因的总体情况分析 15 3．1．1抗性相关基因参与的代谢通路概况 ．15 3．1．2各个代谢通路的分类及其网络关系图 17 3．1．3从代谢总图到独立代谢通路图进行分层展示 19 3．1．4代谢总图中各代谢通路概况和代表性的代谢通路图 25 3．2 iTAK数据库对抗性相关基因中激酶的分类分析 3 1 3．3使用iTAK数据库对转录因子的分类分析 一33 3．4基因本体论(Gene Ontology)分析 ．36 第四章讨论 46 4．1进行全面完整的抗性基因参与的生物学途径分析的意义 ．．46 4．2构建的通路图与前人研究报道通路作用的相互验证 ．．47 4．3研究展望 。47 参考文献 一48 附录 ．53 致{射 ．65 II 万方数据 马铃薯晚疫病抗性相关基因生物学通路构建及其在抗性中的作用分析摘 马铃薯晚疫病抗性相关基因生物学通路构建及其在抗性中的作用分析 摘 要 马铃薯(Solanum tuberosum)是全球仅次于水稻、玉米和小麦的第四大主要粮 食作物。马铃薯在种植的过程中会受到多种病虫害的危害，其中由致病卵菌(Phytoph ．thora infestans)引起的晚疫病是最具有毁灭性的马铃薯病害。因此，培育具有晚疫 病持久抗性的马铃薯品种是一直以来是育种的主要目标之一。为了研究马铃薯抗病 机理，许多文献报道了用不同马铃薯材料和不同处理获得大量晚疫病诱导表达基因， 这些基因很可能与抗性相关，但要对所有发现的基因逐一分析费时费力。本研究从 马铃薯抗病相关代谢通路整体网络着手，意图通过将前人和本实验室已报道的抗病 相关基因进行搜集、整合，进行代谢通路的归类以及通路的分析，并从激酶与转录 因子方面进行分类整理，最后再在GO的总体层面将所有的马铃薯晚疫病抗性相关 基因进行分类分析，主要研究结果如下： l、K_EGG的代谢通路总图结果显示，抗病相关基因涉及到碳素代谢，氨基酸代 谢，核酸代谢以及次生代谢等过程。马铃薯抗性相关基因KEGG代谢通路的统计分 析表明，与代谢有关基因参与42个代谢通路，其中最多的是参与氨基酸代谢，其次 为参与次级代谢产物的合成，然后是参与碳水化合物的代谢。从构建的5个层级的 代谢通路体系中可以了解与抗性相关代谢通路基因的整体情况； 2、使用iTAK数据库对未整合到代谢通路上的晚疫病抗性相关基因进行激酶类 别的专门分析，其中517个激酶基因分成跨膜受体激酶和相关的非跨膜激酶、类ATN ．1／CTRl／EDRl／GmPK6激酶、非跨膜受体激酶、其他的未分类受体激酶4个激酶 大类； 3、iTAK数据库对抗性相关基因中的转录因子的分类整理结果表明，抗性相关 基因中的转录因子总共769个，可以分为46类。可以借此分类将某些重要的转录因 子类型作为整体来研究转录因子的共性与特性，从而了解这些转录因子在抗病中的 作用机制； 4、GO分析结果显示，抗病相关基因分属三种类型GO大类，即细胞组成，分 子功能以及生物过程。生物过程中免疫相关基因是需要重点关注的参与抗性的基因， 而除此之外也有许多基因涉及到其他生物过程。 本研究利用生物信息学技术整合已报道的晚疫病抗性相关基因，将抗病基因按 照功能分类进行代谢通路上的归类，并构建通路网络，进行生物学途径的分析，为 进一步深入研究这些途径或其中的基因在马铃薯晚疫病抗性中的功能提供了一个开 放的平台，为马铃薯晚疫病抗病机制研究提供了信息基础。 关键字：马铃薯；晚疫病；抗性相关基因：代谢通路；抗病信号网络 万方数据 华中农业大学2016 华中农业大学2016届硕士研究生学位论文 Abstract Potato(Solanum tuberosum)is the fourth largest food crop in the world，after dee， wheat and corn．Potato production suffered from a variety of plant diseases and insect pests，including potato late blight caused b