蛋白质特异性分子相互作用的设计筛选及应用生物信息学专业论文.docxVIP

摘 摘 要 摘要 蛋白质与其底物分子之间的特异性相互作用是蛋白质在生物体内实现其功 能的物质基础之一。蛋白质和底物分子识别特异惮的设计．凶进嗣嚏宗台应用在 蛋白质工程和合成生物学中备受关注。本文对分别在识别特异性的设计、改进 和综合应用方面做出了讨论，尝试着在理论和实验上找到史商效的策略。 在蛋白质与其底物分子识别特异性设汁方面，我们以簧f1质希J小分子结合 特异，H．为研究对象，讨论特异性没汁的理沦方法，l!口如似钳刈’特逆ffj小分r找 到，一个蛋白质界面可以和它特异性的结合。特异性界面的改iI是；《臼质功能性 设计的主要问题之一。现有的打分方式只对蛋白质和H标小‘j r复合：助的稳定 性进行评价，不能很好的评估蛋白质和小分子结合的特j}性。负向设计 (negative design)虽然可以一定程度上解决这个问题，但是竞争小分子的选 择成了一个无法回避的问题。我们这里采取另外一种策略，即优化蛋白质和小 分子之间的每个局部相互作用。如果保证蛋白质和小分子之间的每个局部相互 作用都达到最优的状态，就可以保证总体．卜蛋白质和小分子阵f复合物具有i譬好 的稳定性。同时，小分子上的任意改变都会使局部相互作用的强皮下降而带来 稳定性的下降，使设计出来的蛋白质可以和目标小分子特异忤识别。基于这个 想法，我们发展r一种基于遗传算法的两相设计策略对小分子利缬自质相互作 用界面进行设计，并通过对已知结构相互作用界哺的霞新设进行榆验。我们 片}X-score对设计结果的稳定性和特异性进行评估，并和天然纣i构，以及以复 合物稳定性为优化目标的，即单相优化，设计结果进行比较。通过比较，我们 发现，由两相设计策略得到结果和小分子结合的稳定性与大然蚩lj，以及和单 相优化结果都是相似的，基本上在一个量级。而特异性上，通过两相优化的结 果比天然结构和通过单相优化得到的结构有更好的表现。相对于天然结构，两 相优化的结果其特异性提高平均在l’2个量级，最高6个量级。从而，我们发 展了一个更适于蛋白质和小分子特异性识别的蛋白质设计策略， 在蛋白质与其底物分子特异性相互作』{J的改进力。血，我{jj以优化扫。i体捌抗 原的结合力策略为研究对象，希望找到通过新技术和计算工具对抗体成熟策略 进行改进的方法。抗体成熟是抗体药物从发现刽临床引用最币要的步骤之一。 它通过在具有抗原结合特异性的原始抗体的基础上：进行突变，建々：突变库。通 过高通蕈筛选、半定量和定量检测，找到亲和力提高的突变体。筛选的结果和 工作量依赖于突变库的效率和质量。而由于成本和．J：作量的限制，传统的寡聚 核苷酸合成和DNA测序的方法，不能构建出符合斋求的突变J‘，川时突变J钥I，j 摘 摘 要 质量也无法控制。我们以高通量寡聚核苷酸合成和高通量测序为基础，找到一 利一构建高质量突变库的方法。首先，以原抗体氨基酸序列为出发点，通过生物 信息学方法找到与其CDR区同源的序列，通过多序列比对对每个带突变位点的 突变范围进行定义。然后引入赝核苷酸编码通过高通量合成得到突变库，通过 商通量测序及测序结果分析对突变库的质量进行评估，同时也通过评估的结果 改进合成策略，重新合成，这样循环下来可以得到高质量的突变库。我们以A21 为模板，构建出了位置饱和微扰且均一的突变库。同时我们也试图通过对筛选 前和筛选后的突变库分别进行高通量测序，通过对每个突变体富集比例的计算 确定抗体亲n』j的提高倍数，验订E实验还在进。‘步进行中。 诒：蟹白质‘j其底物分于特异·陀相互作用的综合利用方面，我们以蛋白质和 DNA；钼互作片j为研究对象，希望基于现有的理论和实验方法找到更多特异性识 别的蛋白质和DNA序列以及新的组合模式通过这些调控实现更复杂的动力学行 为。我们通过对乳糖阻遏蛋白及其结合DNA序列三维结构的分析得到对识别特 异性i起到关键作用的位点，通过理论和实验上对位点进行饱和突变，并检验对 新的DNA序列的识别情况，找到新的蛋白质和DNA识别组合。接下来，我们通 过瑚论模型找刊J实现“与”逻辑运算和“或”逻辑运算在所必需的参数范围， 并在实验上满足参数要求，成功在细菌内构建逻辑计算元件和逻辑计算网络。 通过以上方法，为合成生物学提供了更多的生物组件。 关键词：相互作用蛋白质功能设计特异性局部相互作用抗体优化高通量合 成高通量测序转录逻辑门通用性设计组合性 AbslractABSTRACT Abslract ABSTRACT ，I’he speci tic interaction bctwccn the protein and its sub： ．1。L‘IS i_}j．tl,c material basements of protein functions．The design，inlprovenlen and