三维基因组数据分析方法进展.PDF

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2018, 45(11): 1093~ 1105 维基因组数据分析方法进展* 张祥林 方 欢 汪小我** (清华大学自动化系，合成与系统生物学研究中心，生物信息学教育部重点实验室， 北京信息科学与技术 家研究中心生物信息学研究部，北京100084) 摘要 对染色质三维结构的探究逐渐成为了解基因组功能与基因调控关系的必要手段 近年来，随着高通量染色体构象捕获 (Hi-C)等技术的发展和高通量测序成本的降低，全基因组交互作用的数据量快速增长，交互作用图谱分辨率不断提高 这给 三维基因组学发展带来机遇的同时，也给计算建模带来了挑战 当前，三维基因组数据的分析方法覆盖面广，包括了数据前 期处理、标准化、可视化、特征提取、三维建模等环节，但是如何从中选择高效、准确的方法却成为制约研究者们开展研究 的一项关键因素 本文根据这 方法的适用场景、原理及特点进行系统地归纳，并重点关注了针对新技术或新需求的分析方 法，以期促进这一领域中信息学方法的应用和开发，助力三维基因组学的研究 关键词 Hi-C，三维基因组学，基因组结构，生物信息学 学科分类号 Q5，Q6，Q7 DOI: 10.16476/j.pibb .20 18.0101 随着人类基因组百科全书计划的发展，调控元 chromosome conformation capture)技术[6]用于检测多 件在人类基因组上的一维线性分布越来越清晰 然 点对多点的交互作用，ChIA-PET ( chromatin 而，想要更深层次地理解基因的调控关系，必须要 interaction analysis by paired-end tag sequencing) 技 [7] 获知调控元件和基因在细胞核中的三维空间关系 术 用于检测全基因组特定蛋白质介导的交互作 近年来，作为研究基因组功能和基因调控关系的重 用 ，高通量染色体构象捕获(high-throughput 要途径，三维基因组学得到了迅速的发展，被誉为 chromosome conformation capture ，Hi-C)技术[8]用于 基因组学的第三次浪潮[1] 检测全基因组无偏的交互作用.有关这类技术的详 目前，研究三维基因组的技术可分为两大类： 细介绍可参见相关文献[9-10] 其中 Hi-C 和 C [1] 显微成像技术和生物化学技术 以荧光原位杂交技 hIA-PET 技术已经成为这类技术的重要代表 ， 术 (fluorescence in s itu hybridization，FISH) [2] 为代 目前Hi-C 技术文库制备步骤相对简单、所需细胞 表的显微成像技术通过对两个或多个DNA 位点的 数较少，有着更广泛的应用 有关ChIA-PET 数据 [11] 荧光染色确定位点间的位置和空间距离 显微成像 计算方法可参考我们发表的相关综述 ，本文重点 技术具有单细胞水平观察物理位置和距离的优点， 介绍与Hi-C 数据分析相关的计算方法 但普遍存在分辨率低、通量小的局限 以染色体构