基于单分子测序仪的基因表达分析新技术-生物通.PDFVIP

基于单分子测序仪的基因表达 分析新技术 生物通报道，日本横滨市RIKEN Omics 科学中心（RIKEN Omics Science Center ）的研究人员开 发出一种新的基因表达分析技术，只需 100 ng 总RNA，就能准确定量地测定基因表达水平。该成果近 日发表在《Genome Research》在线版上。 这项技术称为“HeliScopeCAGE” ，它将 RIKEN 的研究人员证实了这种直接方法能减 RIKEN 的 CAGE （Cap Analysis of Gene 少偏差，为低至100 ng，高至5 μg 的总RNA 带 Expression ）与第三代测序公司 Helicos 来高度重复的数据。白血病细胞系 THP-1 和人子 BioSciences 的Helicos 遗传分析系统相结合，为 宫颈癌细胞系HeLa 之间的比较进一步说明，这种 稀有细胞群体的基因表达网络分析开启了大门。 技术产生的结果与传统芯片分析的结果高度相关。 （生物通余亮） CAGE 是近年出现的一种分析RNA 转录本的 高效方法。它由日本科学家Hayashizaki 等开发， 相关阅读： 能产生样品中mRNA 的5’端快照。这种技术实现 如何开展CAGE和nanoCAGE 了高通量的基因表达分析以及转录起点的图谱分 析。 原文检索： 目前有很多方法能确定转录本的丰度，包括 Unamplified cap analysis of gene RT-PCR、EST 测序、SAGE 和大规模平行测序等， expression on a single-molecule sequencer 这其中大部分都依赖3’端的序列。但是对于转录起 Published in Advance May 19, 2011, doi: 点和相关启动子的鉴定，5’端特异的特征序列则是 10.1101/gr.115469.110 表达谱注释所必需的。因此，研究人员开始利用 摘要： CAGE 进行5’端短序列标签的克隆。 We report the development of a simplified 近几年，新一代测序仪就基因在分子水平如何 cap analysis of gene expression (CAGE) 表达提供了日渐详细的信息。这些基因的转录产物 protocol adapted for single-molecule sequencers 揭示了转录本结构和功能的复杂度，为了解癌症及 that avoids second strand synthesis, ligation, 其他疾病的分子性质提供了线索。 digestion, and PCR. HeliScopeCAGE directly 对于HeliScopeCAGE，研究人员修改了原先 sequences the 3′ end of cap trapped first-strand 的CAGE 步骤，以便与HeliScope 单分子测序仪 cDNAs. As with previous versions of CAGE, we 共同使用。与之前的测序仪不同，HeliScope 测序