海岛棉EST-SSRs分布特征及新标记的开发与利用ViewTableof.PDF

海海岛岛棉棉EESSTT--SSSSRRss分分布布特特征征及及新新标标记记的的开开发发与与利利用用 吕远大, 蔡彩平, 磊, 林绍艳, 赵亮, 田亮亮, 吕俊宏, 张天真 and 郭旺珍 Citation: 科学通报 5555, 1886 (2010); doi: 10.1360/csb2010-55-19-1886 View online: /doi/10.1360/csb2010-55-19-1886 View Table of Contents: /publisher/scp/j ournal/CSB/55/19 Published by the 《中国科学》杂志社 AArrttiicclleess yyoouu mmaayy bbee iinntteerreesstteedd iinn 雷蒙德 氏棉EST-SSRs分布特征及开发与利用 Chinese Science Bulletin 5511, 316 (2006); 海岛棉EST-SSR引物的开发与应用研究 Chinese Science Bulletin 5522, 1779 (2007); 小麦EST-SSR标记的开发、染色体定位和遗传作图 Chinese Science Bulletin 5500, 2208 (2005); 海岛棉抗病基因类似物与防卫基因类似物的分离及特征分析 Science in China Series C-Life Sciences (in Chinese) 3366, 97 (2006); 大豆灰斑病抗病基因RA PD标记的分子特征及抗、感种质的SCA R标记鉴定 Chinese Science Bulletin 4444, 2544 (1999); 2010 年 第 55 卷 第 19 期： 1886 ~ 1890 《中国科学 》杂志社 论 文 SCIENCE CHINA PRESS 海岛棉 EST-SSRs 分布特征及新标记的开发与利用 吕远大, 蔡彩平, 王磊, 林绍艳, 赵亮, 田亮亮, 吕俊宏, 张天真, 郭旺珍* 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室, 南京 210095 * 联系人, E-mail: moelab@ 2009-09-27 收稿, 2010-02-01 接受 国家自然科学基金、国家高技术研究发展计划(2006AA10Z111)、江苏省自然科学基金(BK2008036)和教育部创新引智 计划(111)(B08025)资助项目 摘要 SSRs 标记已成为目前应用最为广泛的一种分子标记. 相较之其他棉种, 海岛棉的 ESTs 及 关键词 SSRs 标记资源均相当匮乏. 本研究利用本实验室2 个纤维cDNA 文库随机测序获得的海岛棉ESTs 海岛棉 序列, 进行海岛棉EST-SSRs 分布特征分析及新SSRs 标记开发与应用研究. 通过对9697 条非冗余 EST-SSRs 分布特征 ESTs 序列分析, 共发现SSRs 位点638 个, 分布于595 条ESTs 中, EST-SSRs 序列的频率是6.13%, 多态性 平均相隔10.4 kb 出现一个SSR. 在2~6 bp 的重复基元中, 三核苷酸重复基元的SSRs 出现频率最 遗传图谱 高(26.6%), 其次是六核苷酸重复(26.0%)和五核苷酸重复(25.9%). 在所有重复基元类型中所占比例 最大的是(AAG)n . 利用Primer3 及virtual PCR 程序开发SSRs 引物, 并去除来源于海岛棉自身部分 同源序列以及与CMD 释放的不同棉种冗余SSRs 引物后, 获得38