全基因组测序在食源性疾病监控和暴发调查中的应用-中国食品卫生杂志.PDFVIP

全 基 因组 测 序 在食 源性 疾 病 监控 和暴 发 调查 中的应 用!!! 李 柏 生 等 !-#$$ ! 综述 全基 因组测序在食 源性疾病监控 和暴发调查 中的应用 李柏 生 柯 昌文 张永慧 !广东 省疾病预防控制中心 广东 广州$(!!*% # 摘$ 要 !全基 因组 测序 ‘_G ’分 型在微生物的 遗传 与 变异特征 分析 %菌株 进 化和 暴发 溯 源调查中 已经显示 出了其 极 大的应用 价值 和发展 潜 力 ! 本 文 简要 概述 了 ‘_G 的基 本 原 理 介 绍 了基 于 全基 因组 的 单 核 苷 酸 多 态性 分 型 和 基 于全基 因组 多位 点序 列分 型两种 主要 的测序 数据 解读 和分析 方 式 比较了 ‘_G 与脉冲场凝 胶电 泳技术 % 多位 点 序 列分 型等 常见分子 分 型手段 的主要特 点 列举 了典 型 的 ‘_G 应用 于食源性疾病监 控 和 暴 发 识 别 的案 例 最后 对 ‘_G 分 型在食源性 疾病监 控 和 暴发调查 领 域 的发展前 景 进行 了展 望 ! 关键词 !全基 因组 测序 # 食源性 疾病 # 暴发调查 # 溯 源分析 # 食源性致病菌 中图分类号 !’!(($$ 文献标志码 !)$$ 文章编号 !!%%*+,*(- #%!- $%+%-#+%* !#%!%.!(#% /0120341%!-.%.%Y 8772/(6,’,+;%,2535’,.5*5I?5’/’3 +,06%5+,,-1,0’5 -*5(*5*?0522(’/5(’-,?6105(4’5*63(6,’ \[L:9+I4C; ZU4:;+NC; 56)?_^A;+4=9 #C;@CD3AD]9IC:ICA;@DAB:;F aDCPC;@9A; A3_=:;FA;aDAP9;2C _=:;FA;_=:;Q4A= (!!*% 49;:$ 81*60(/6% [; @4CO:I@3CNHC:DI @4CN4ABCC;AKCICS=C;29;#‘_G $ :;:BHI9I4:II4AN; 9@IDC:@P:B=C :;F OA@C;@9:BI9; @4C39CBF A3K92DAM9:B4CDCF9@H:;F P:D9:@9A; 24:D:2@CD9I@92I CPAB=@9A; :;F IA=D2C @D:2J9;1R49IO:OCDDCP9CNI@4CM:I92OD9;29OBCIA3‘_G :;F 9;@DAF=2CI@NAK:9; KC@4AFI@A9;@CDODC@ :;F :;:BHQC@4C‘_G ICS=C;29;F:@:MHNG?a:;F NT\GR1R4C; @4CK:9; 24:D:2@CD9I@92IA3‘_G I=24 :IF9I2D9K9;:@ADH:M9B9@H:;F IC;I9@9P9@HNCDC2AKO:DCF N9@4 @4CA@4CD2AKKA; KABC2=B:D@HO9; KC@4AFIA3aE_U:;F T\GR1)BIA 9@iI9BB=I@D:@CF @4:@@4C2=DDC;@I@:@C+A3+:D@A3@4C‘_G :OOB9CF @A@4C 9FC;@9392:@9A; A3A=@MDC:JI:;F IA=D2C@D:2J9;1E9;:BBH @4C:FP:;@:CIA3 3AAFMAD;CF9IC:ICI=DPC9BB:;2C @4C ‘_G :;F @4C ODAIOC2@9PC A39@I3=@=DC :OOB92:@9A; 9; @4C 3AAFMAD;C F9IC:IC I=DPC9BB:;2C :;F 9FC;@9392:@9A; A3A=@MDC:JIN