分子模拟第二章.pptVIP

第二章 分子模拟中的常用概念 坐标体系（Coordinate systems） 坐标体系（Coordinate systems） 内坐标（Internal coordinates） 用原子之间的距离,角度 和二面角表征分子构型 通常用Z矩阵（Z-matrix） 表示 如：乙烷分子的内坐标表示法： 表面 表面 表面 溶剂可及表面（Solvent Accessible surface): 指探针分子在目标分子表面进行“假想滚动”时，其球心形成的轨 迹，不是真实表面。 通常情况下使用半径为1.4?的水分子作为探针分子。 探针分子的中心因此能放在可及表面的任一点上，但是不能穿入分子中任何原子的范德华球。 势能面（potential energy surfaces） 将体系的能量看成体系原子坐标（多用内坐标，即键长，键角,两面角）的函数。即一个体系能量的变化能够看作是在多维“表面”上的运动，称为能量表面，如果只研究分子间相对位置的变化，不考虑速度，即为势能表面---势能面。 势能面上，感兴趣的是特殊性质点包括：极小点（全局极小和局部极小），这些是稳定的结构. 驻点和TS点。 第三章 分子力学基本原理 引言 分子力学定义 分子力学法(Molecular Mechanics) ， 利用牛顿力学原理,通过解力学方程,得到分子体系的运动轨迹,从而研究分子体系的能量和各种性质.由于使用的势函数和参数都是有经验和实验值拟合获得,故亦称经验力场方法 (Empirical force field method ). 分子力学方法的建立和正确使用在于它的背景和若干假设. 分子力学应用背景 在分子模拟中许多问题牵涉到较大的体系（如生物分子、高分子体系）,没法用量子力学方法去解，因为量子力学涉及体系的电子，以致即使某些电子被忽略（如半经验方法）还是有过多粒子被考虑，计算量太大。 而分子力学的方法就不同，其忽略电子的运动，只计算以核的位置为函数的体系能量。因此可用于计算包含大量原子的体系。甚至在某些情况下，还能够提近乎量子力学计算的精确解，而所需时间只是几十分之一！ 注意：分子力学不能提供分子中依赖电子分布的性质。 分子力学基本假设 Born-oppenheimer（波恩—奥本海默）近似假设 要点: 核的振动运动比电子的运动慢得多，因此可近似地假核 的运动不影响电子的运动，他们是独立的。 具体讲，∵ M（质量）核 ＞＞＞M电子， V（速度）核＜＜＜V电子，　 　 ∴ 在解电子运动时可以近似地认为核的构型 保持不变，即可把电子运动与核运动分开处理。 显然，没有这种近似，把能量写作完全是核坐标的函数这是不可能。 分子力学基本假设 分子模型用球表示原子，弹簧表示化学健，弹簧的变形表示化学键的伸缩、弯折和扭转。 非键结合的原子通过范德华相互作用和和静电相互作用。 分子力学基本特点 分子力场不仅描述结构，也描述性质。 一个完整的力场包括一套函数以及相关的参数。 不同的力场可以有相同的函数形式，但不同的参数。 不同力场的参数（即使是描述相同对象）不能混用。 力场的参数具有力场内部的可移植性 注意: 力场都是经验的（对比从头计算），即没有正确与错误，只能说某个力场更适用于某些体系。 分子力学基本特点 原子类型（Atom Type）是分子力学中一个很重要的概念，计算的基础。 原子类型包括元素类型，原子杂化态，原子环境。 以碳原子为例，CH4中的碳与C2H4的碳是不同的，一个是SP3杂化，一个是SP2杂化。 分子力学基本特点 力场分类规则 把键长、键角、二面角分成不同类型，同种类型的力场参数相同 举例：乙烷分子 1个C-C键，6个C-H键 6个C-C-H键角， 6个H-C-H键角 9个H-C-C-H二面角 分子力学的能量计算 计算的能量代表什么？ 一个分子力学模型能简单地通过增加在所有键上的张力和所有 原子间的范德华和库仑相互作用给出一个‘能量’的值。这个量称作 EMM，即分子力学能（也可称作空间（位）能）。 (1) EMM最接近反映真实事物性质的是一个分子的内能， U。 标准的热力学方程，使U与其它量有如下关系：