食油假单胞菌聚羟基脂肪酸酯之脂质生化合成反应路径研究AStudyon.PDF

Journal of Information Technology and Applications Vol. 8, No. 4, pp. 110-121 2014 食油假單胞菌聚羥基脂肪酸酯之脂質生化合成反應路徑研究 A Study on polyhydroxyalkanoates fatty acid biosynthesis pathway of Pseudomonas oleovorans 馮啟婷、劉志俊* 、張慧玫 Chi-Ting Feng, Chih-Chin Liou*, Whei-Mieh Chang 中華大學生物資訊學系 Department of Bioinformatics, Chung Hua University, Hsinchu, Taiwan, R.O.C. 摘要 不能降解的石化塑膠廢棄物的增加是一個日益嚴重的環境問題。聚羥基脂肪酸酯 (Polyhydroxyalkanoates, PHAs)稱為生物塑膠，是微生物由糖或脂質自然發酵所得的線性聚脂產物，合成來 源的糖或脂肪取得容易，亦可藉由環境菌進行生物代謝、分解為無毒的基本元素返回自然界，以減少環境 汙染問題，同時具再生性與永續性。而利用合成生物學的基因調控技術來控制特定結構PHA的生產，正 是生物塑膠的優勢。已知微生物合成 PHA所需的逆境為碳源豐富而缺乏氮、磷、鎂、鉀等營養，但如此 物料逆境可能會造成將來量產PHA的限制。因此，本研究在探討環境菌處於營養條件下，如何調整環境 菌合成 PHA 基因來增加PHA 產量。 食油假單胞菌已被證實能合成中長鏈 PHA ，本研究以即時定量聚合酶連鎖反應技術測量在使用富含 碳、氮的 NB 培養基下，比較不加、或添加 5%葡萄糖、或 5%甘油三種不同生長條件下，phaC1 、phaC2 、 phaZ 、phaG 以及phaJ 等五個基因的相對表現量。在預設為40個循環反應下，phaZ 基因的RNA 表達量 明顯高於其餘四個基因。當黏合溫度同為 55℃時，產生 16S rRNA Ct值過小，待測基因 phaC1 、phaC2 、 phaG 以及phaJ 四個基因Ct值過大的問題，利用黏合溫度改變後， 16S rRNA在 65℃以及待測基因在50 ℃或 45℃下，Ct值即可陸續落於 10-35的可信範圍之間。以 △△Ct值經公式回推基因拷貝數，得到在合 成PHA時 phaC1 與phaC2 基因都會出現，而脂肪酸生物合成路徑代表基因 phaG 沒有明顯的表達、β氧- 化路徑代表基因 phaJ 在添加甘油的生長條件下以黏合溫度 45℃檢測，RNA 表達量明顯。本研究得到， 食油假單胞菌 PHA合成反應路徑，偏向於 β氧化路徑而較不偏好脂肪酸生物合成路徑，藉此建立了- PHA 合成路徑監測基礎平台，未來可應用於控制 PHA 產量以及調控路徑的研究。 關鍵字 :食油假單胞菌、聚羥基脂肪酸酯、即時定量聚合酶連鎖反應 110 Journal of Information Technology and Applications Vol. 8, No. 4, pp. 110-121 2014 ABSTRACT The accumulation of nondegradable petroleum plastic waste has become one