基因组数据.DOC

HYPERLINK \l atac-seq--dnase-seq-pipeline /序列 HYPERLINK /10.5281/zenodo.156534 这里管道用于自动化end-to-end质量控制和 atac dnase或者序列数据的处理。 可以通过作业提交引擎在计算集群上运行管道，也可以单独运行。 它本质上是利用并行化/分布式计算的应用。 管道安装也很容易，因为大多数依赖项都自动安装。 从原始FASTQ文件开始，从原始的文件一直到峰值调用和信号轨迹生成，或者可以从中间阶段开始( 比如 ) 。 对齐文件。管道支持单端或者成对结尾usn或者 dnase seq数据( 带或者没有复制) 。 流水线生成了包括为usn和dnase序列数据专门设计的质量控制措施，分析重复性，peaks和pvalue信号跟踪，折叠富集和信号跟踪的HTML报表。 管道还支持详细的错误报告和运行的轻松恢复。 管道已经在人类。鼠标和酵母atac数据和人类和鼠标dnase序列数据上进行了测试。 atac序列规范也是DNA元素( 编码器) 联盟百科全书的官方管道规范。 atac管道协议定义在这里是 HYPERLINK /document/d/1f0Cm4vRyDQDu0bMehHD7P7KOMxTOP-HiNoIvL1VcBt8/edit?usp=sharing 。 atac系列管道的某些部分是与 Jason Buenrostro合作开发的，Alicia 。com，将在斯坦福。 在这里，dnase seq管道规范是 HYPERLINK /document/d/1e3cCormg0SnQW6zr7VYBWvXC1GiPc5GSy80qlKBPwlA/edit?usp=sharing 。 请注意，这与官方编码 dnase seq管道不一样。 进入Kundaje实验室的 HYPERLINK https://kundajelab.github.io/bds_pipeline_modules 基因组管道。 转到 HYPERLINK /forum/ \l !forum/klab_genomic_pipelines_discuss 讨论频道 跳转到 HYPERLINK \l usage 使用状态 跳转到 HYPERLINK \l output-directory-structure-and-file-naming 输出目录结构和文件名。 跳转到 HYPERLINK \l encode-accession-guideline 编码进入指南。 跳转到 HYPERLINK \l troubleshooting 故障排除 HYPERLINK \l installation 安装 按照你的系统按照正确的顺序安装软件/数据库。 例如在实验室的Kundaje集群中，你只需要安装一个软件 HYPERLINK \l pipeline 管道。 一般计算机 HYPERLINK \l java HYPERLINK \l conda Conda HYPERLINK \l bigdatascript BigDataScript HYPERLINK \l pipeline 管道 HYPERLINK \l dependencies 依赖项 HYPERLINK \l genome-data 基因组数据 Kundaje集群实验室 HYPERLINK \l pipeline 管道 斯坦福新SCG群 HYPERLINK \l conda Conda HYPERLINK \l bigdatascript BigDataScript HYPERLINK \l pipeline 管道 HYPERLINK \l dependencies 依赖项 斯坦福老SCG群 HYPERLINK \l conda Conda HYPERLINK \l bigdatascript BigDataScript HYPERLINK \l pipeline 管道 HYPERLINK \l dependencies 依赖项 斯坦福Sherlock星团 HYPERLINK \l conda Conda HYPERLINK \l bigdatascript BigDataScript HYPERLINK \l pipeline 管道 HYPERLINK \l dependencies 依赖项 HYPERLINK \l java Java 在你的系统上安装 8 ( jdk = 1.8或者 jre = 1.8 ) 。 如果系统上没有超级用户权限，请本地安装它并将它的添加到你的$PATH 。 针对 debian/ubuntu ( 14.10 )的Linux: $ sudo apt-get i