基于粗粒化元胞自动机在生物序列与动力学的模型研究-控制理论与控制工程专业论文.docxVIP

摘 摘 要 生物学家用系统、控制论与信息处理方法来观察了解生物学过程的例子越 来越多。确定性、不确定性的数学模型和智能计算模型帮助他们构思新的实验 方法，洞察复杂的生物系统。另一方面，系统控制论等信息科学学者也正把生 物体看作又～类新的复杂系统与智能系统的研究目标。信息科学与生物科学的 互动越演越列，交叉越演越密，其重要体现之一是生物信息学的研究。其研究 内容包括基因组信息学、蛋白质的结构模拟以及药物设计三个重要的方面。 本文采用粗粒化元胞自动机研究生物信息中的若干模型，取得了以下方面 的创新研究成果： ● 构造氨基酸数字编码模型 采用相似规则、对称规则、分子识别理论以及信息处理方法，建立了氨基 酸的数字编码模型。此编码模型考虑了氨基酸的物理化学特性，且氨基酸与其 数字编码是一一对应的。它可以把生物字符序列转变为二进制数字序列，这种 变换使得生物信息可以用其它的数字信息处理方法来研究。 · 提出了基于粗粒化元胞自动机的生物序列可视化模型 基于粗粒化元胞自动机给出了一种新的基因序列可视化方法。与其它生物 序列可视化方法作图时碱基所对应的空间点只与此碱基之前的碱基数量和种类 有关所不同的是，在构图时，碱基所对应的空问点与此前后碱基的数量和种类 都有关。首次提出了元胞自动机图(CAI)的概念与方法，使许多隐含在长而 复杂的生物字符序列中的特征，通过CA]清楚地表现出来。提供了一个研究生 物序列关键特征和辨识基因功能的新途径。 ● 给出了SARS序列的一种特征分析 基于租粒化元胞自动机序列可视化模型，首次发现了SARS病毒图像中所 含有的“V”型结构，提出了局部对称性的概念。分析“V”型所对应的序列区， 得出SARS序列5端开始第3232bp～5624bp、5703bp～7195bp：12128bp～ 14470bp、16444bp～19231bp、19720bp～21803bp，这五段中腺嘌呤(A)的个 数与鸟嘧啶(tJ)基本相同，且在前半段以腺嘌呤为主，后半段以鸟嘧啶为主， 而其他的所有非SARS冠状病毒都不具有此特征。根据这个特征为依据，对所有 的冠状病毒进行比较，给出鸟类流行性支气管炎病毒与猪流行性腹泻病毒与 SARS最接近的论断。 ● 研究了蛋白质亚细胞定位预测 基于伪氨基酸成分的扩大协方差判别式算法，提出了一种新的基于粗粒化 元胞自动机的蛋白质序列图和氨基酸成分的预测蛋白质亚细胞定位方法，使现 有的图像识别技术可以直接地被应用于预测蛋白质亚细胞定位。 Self-consistency和Jackknife测试已表明蛋白质定位与它的元胞自动机图是有 联系的。 · 研究了蛋白质二级结构类型预测 与现有的预测蛋白质二级结构类型只基于氨基酸成份的方法不同，我们首 次提出了一种新的基于粗粒化元胞自动机图像的蛋白质二级结构预测模型。把 次提出了一种新的基于粗粒化元胞自动机图像的蛋白质二级结构预测模型。把 从元胞自动机图像中得到的复杂度因子作为一伪氨基酸成份，使伪氨基酸成份 个数可以被明显地减少，且保持原有蛋白质全序列特征和序列字符顺序关系。 通过Jackknife测试得出新方法明显提高了蛋白质结构类型的预测率。 ● 提出了乙肝病毒突变对其复制率影响预测模型 乙肝病毒序列具有很高的突变率，生物实验表明有些突变对病毒的复制率 有很大的影响，使复制率变高或变低。有些突变又没有影响。目前还未见一种 模型能对此进行预测。本文基于粗粒化元胞自动机，首次给出了乙肝病毒突变 对其复制率影响预测模型，对突变前后序列演化出不同的粗粒化元胞自动机图， 得到比对图，通过计算比对图中红黑点的个数以及比对压缩图，可以预测此错 义突变对复制率的影响。实验表明具有较高的预测成功率。该研究加速了对基 因分析的过程，在设计药物时还有助于发现潜在的分子靶子。 · 给出了基于概率粗粒化元胞自动机的乙肝病毒感染细胞的动力学模型 与现有的乙肝病毒感染研究基于病毒和肝细胞在肝组织中均匀分布的假 设不同，本文考虑了时空特性在乙肝病毒感染的发展和爆发中潜在的重要作用， 如被免疫系统所清除的感染肝细胞(也就是死亡肝细胞)可能影响病毒的感染 速度等。考虑了不同类型乙肝感染肝细胞以及具有不同感染能力和不同复制率 的乙肝病毒的系统动力学影响，给出了基于二维概率元胞自动机的乙肝病毒感 染细胞的模型。仿真结果表明模型能够很好地模拟出乙肝病毒感染的重要特性， 揭示乙肝感染的发展与被感染者的年龄关系，并首次提出了不改变其它参数而 能得出此关系的模型，还给出了模型参数对病毒感染细胞系统动力学的影响。 本文提出了二维概率粗粒化元胞自动机及其对药物治疗的乙肝病毒动力 学模型，有效地模拟了病毒时空演化与自组织过程以及不同药物作用下的治疗 效果，如：清除被感染细胞、清除乙肝病毒、破坏病毒感染细胞条件等，给