基于傅里叶变换和数值映射的基因外显子识别算法研究-计算机应用技术(理)专业论文.docxVIP

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基于傅里叶变换和数值映射的基因外显子识别算法研究-计算机应用技术(理)专业论文

江西理工大学硕士学位论文 江西理工大学硕士学位论文 摘 要 万方数据 万方数据 摘 要 随着人类基因组工作的初步完成,一门新兴的学科也随之诞生——生物信息学,它是 结合计算机技术和生物技术发展的学科,是数学、统计、计算机与生物医学交叉的学科, 研究生物信息的采集、处理和解释等各方面.基因识别就是重要的研究内容之一,研究基 因识别具有深远的生物意义. 本文主要研究基因外显子的识别问题.讨论了原核生物和真核生物的结构和识别方 法,分析了外显子识别的基本原理和基本流程,对每一个识别步骤进行了研究,利用信号 处理的相应方法解决外显子的识别问题.比较各种现有外显子识别算法的优劣,提出了改 进算法. 首先,探讨了外显子的 3-周期性,研究了自相关傅里叶变换对外显子的 3-周期性呈现 效果的影响,利用 Matlab 软件编程绘制功率谱图形,发现自相关傅里叶变换可以增大具有 3-周期性外显子的 N/3 处功率谱值.调整相邻的两个或两个以上的外显子连在一起后的顺 序,通过自相关傅里叶变换绘制功率谱图,得到调整后序列的 3-周期性表现效果更强. 其次,分析现有数值映射方法的转化规则,将映射方法进行分类,讨论每一类数值映 射对外显子 3-周期性表现的影响,以及 Voss,Z-curve 和正四面体映像之间的关联,提出 Z-curve 映射下的快速算法.结合现有不同种类基因的阈值确定模型,提出两种改进模型, 通过计算综合评价指标,表明改进模型较优于原阈值确定模型. 最后,进行基因外显子识别,根据阈值确定模型得到不同种类基因的阈值,采用自适 应窗口平移法来计算每一次平移后窗口内的信噪比,通过比较得到外显子和内含子的识别 区间,以敏感性,专一性和特异性以及综合评价指标来评判算法的可行性和有效性. 关键词:外显子;3-周期性;功率谱;数值映射;阈值 I 江西理工大学硕士学位论文 江西理工大学硕士学位论文 Abstarct Abstarct As the human genome work completed preliminarily, an emerging discipline has been born, bioinformatics, which is combined with the development of computer technology and biological technology disciplines. It is the cross subject including mathematics, statistics, computer and biomedicine, and research the acquisition of biological information, processing and interpretation and so on various aspects. Gene identification is one of the important research content and is of great significance. Exon identification problem is studied in this paper. We introduced the structure and identification method for the prokaryotes and eukaryotes, and analyzed the basic principle and processes of exon recognition. By studying every identification steps, the problem of exon identification is solved by using the corresponding method of signal processing. We compared the pros and cons of various existing of recognition algorithm, and the improved algorithm is proposed. Firstly, the period 3 of exons is discussed. By studying the Autocorrelation Fourier Transform to the effect of rendering for the period 3 of exon and drawing power spectrum graphics using Matlab software, we find that

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