基于粗粒化模型对有机溶剂的分子动力学模拟-粒子物理与原子核物理专业论文.docxVIP

辽宁师范大学硕士学位论文摘 辽宁师范大学硕士学位论文 摘 要 这篇论文介绍了基于电多极展开势(EMP)和Gay-Berne(GB)势的粗粒化分子力学模 型．把有机小分子处理成单轴的椭球体，用各向异性的GB函数表示两个单轴椭球体之 间的相互作用势，从而实现了对van der Waals相互作用势的粗粒化．分子体系的电荷分 布由电多极展开表示，包括位于质心处的点电荷，偶极矩和四极矩．在基于Boltzmann 分布对四种基本的分子构象进行了Monte Carlo取样之后，通过与全原子模型的vall der Waals相互作用势比较得到了GB参数．又在对用量子化学方法计算得到的分子体系的 静电相互作用势进行了电荷，偶极矩和四极矩的拟合之后，得到了EMP参数． 利用得到的粗粒化参数，基于此粗粒化模型，本文对CHCl3，CH2C12，C5H5N，DMF， DMSO，THF六种有机小分子进行了分子动力学模拟，并将其结果同全原子模型进行了 比较．计算得到的结果表明了用此粗粒化模型从整体上能够重复全原子模型的结果，但 是在某些细节的计算上与全原子模型有些偏差，其原因可能是在目前的工作中仅仅考虑 了单个位点的情况．因此，今后在对具有复杂结构的分子体系进行粗粒化模拟时还应该 考虑合理地放置相互作用位点以及增加相互作用位点的数目．用此粗粒化模型进行分子 动力学模拟的主要优点是它可以在保证能够获得一定精度的条件下较大幅度地提高了 计算的效率，这主要是由于用粗粒化的GB—EMP相互作用代替了多对原子之间的相互作 用，从而减少了自由度的数目．另外的一个重要的因素是忽略了键长，键角和二面角的 高频运动，使增大了模拟时间尺度．还需要指出的是，由于引入的矾，参数较好地控制了 GB势的柔性，所以用在本论文中介绍的粗粒化模型还可以被用来模拟更大，更复杂的 分子体系．此外在考虑了能够更精确地描述静电相互作用势的电多极展开势效应之后。 使基于此粗粒化模型模拟带高电量的生物大分子体系成为可能． 关键词：粗粒化模型；Gay．Berne势；电多极展开势；径向分布函数；分子动力学模拟 基于粗粒化模型对有机溶剂的分子动力学模拟Molecular 基于粗粒化模型对有机溶剂的分子动力学模拟 Molecular Dynamics Simulations of Organic Solvent based on Coarse Grained Abstract This paper presents a general coarse—grained molecular mechanics model based on electric multipole expansion potential tEMV)and Gay—Berne(GB)potential．Coarse graining of vail der Waals potential is achieved by treating molecules as soft uniaxial ellipsoids interacting via a generalized anisotropic GB function．The charge distribution is represented by electric multipole expansion,including point charge，dipole moment，and quadrupole moment placed at the center of mass．In order to obtain the GB parameters，we firstly make Monte Carlo sampling for four reference configurations based on the Boltzmann distribution． After comparing with the vail der Waals potential within the all—atom model，we get the GB parameters．Also after making the fitting of charge，dipole moment，and quadrupole moment with the electric potential obtained from the quantum chemical computations with Gaussian03， we get the EMP parameters． With the GB-EMP parameters，then,we make the molecular dynamics simulati