代谢物组学及其在微生物研究中的应用!-生物通.PDF

中国生物工程杂志 ， ， （）： LM,0( N,*’-M0*+*/; $9 $9 9 : F A 代谢物组学及其在微生物研究中的应用! 郑 卉 李良智 葛志强 元英进!! （天津大学制药工程系 天津 !#$ ） 摘要 代谢物组学（ ）是继基因组学（ ）、蛋白质组学（ ）后发展起来的 %’()*+*%,-. /0*%,-. 12*’*%,-. 一门新学科。对代谢物组学的含义，研究方法及流程，特别是其在微生物中的应用进行了介绍， 包括使用代谢物组学中的345 技术研究微生物在降解环境污染物中的作用；使用代谢物组学技 术研究微生物代谢通量，从而在分析代谢通量的基础上通过代谢工程改变代谢通量，提高目的产 物的得率；确定所获得基因库中沉默基因的功能；运用代谢物组学分析方法阐明生物体系对于环 境变化的响应，从而协助我们确定最佳的取样时间及最佳分析组织，设计实验。随后简要对代谢 物组学发展动态进行了展望。 关键词 代谢物组学 功能基因组学 代谢物图谱 但是%53D 含量与蛋白质表达水平的相关系数不 ! 代谢物组学的提出与含义 高（ ），也就是说， 水平上的增加并不 E6 F E9 %53D 代谢物组学（ ）的提出 代表蛋白水平上的增加，同时，蛋白质丰度的变化 ! ! #$%’()(#*+, 随着人类基因组测序工作的完成，人们对生命 也并不能说明蛋白酶活性的增加，因此，转录组或 过程研究的热点转移到了基因的功能及几个“组 蛋白质组水平上的变化并不一定总会引起生物表 学”，如基因组、蛋白质组的研究。研究中发现上述 型方面的变化，而代谢物是整个细胞调控体系的最 组学的研究内容和研究方法仍难以解释代谢活动 终产物，它们的定量水平可以看作生物体系对于基 ［］ 中的一些现象，例如从分子水平解释一条代谢途径 因和环境改变的最终响应6 。另外，目前我们对转 与另一条代谢途径之间、一组织与另一组织之间的 录组和蛋白质组的研究主要是通过序列相似性及 ［］ 代谢协调关系。 8 数据库匹配而进行的，因此，结果的正确性首先依 年， 等 提出了通过对 8AA# B+,C2 代谢产物的数量和质量分析来评估酵母基因的遗 赖于匹配程度，如果数据库中不存在相应的信息， 传功能及其冗余度的重要性，并首次提出了代谢物 则转录组及蛋白质组的研究只能得到极其有限的 组学的概念。后续研究过程中，代谢物组被定义为 结论。其次，代谢物组学的研究不需要建立全基因 给定的生物系统在给定的条件下合成的所有的代 组测序及大量表达序列标签（ ）的数据库，同时， GHI ［］ 谢产物$ 。代谢物组学的分析是对一个生物系统 代谢物组学研究中所采用的技术比之基因组和蛋 中所有的低分子量的代谢物质的全面的、定性的和 白