《非编码RNA数据库及在线分析工具》-04 rRNA相关数据库.docxVIP

rRNA相关数据库 silva（? HYPERLINK https://www.arb-silva.de/ https://www.arb-silva.de/） 是一个涵盖细菌、古菌、真核的rRNA基因序列的综合数据库 PR2（ HYPERLINK /project/Protist-Ribosomal-Reference-database-PR2 /project/Protist-Ribosomal-Reference-database-PR2） PR2（ProtistRibosomal Reference database）数据库是专门针对真核微生物小亚基SSU rRNA（即18SrRNA）基因的数据库。该数据库主要由核编码的原生生物序列构成，但为方便分析18S的高通量测序数据，数据库也包含了后生生物、陆地植物、大型真菌和真核细胞器（线粒体、质体等）的SSU序列。内含子和嵌合体序列已被去除。现PR2主页因技术故障无法登陆，但是数据库一直在更新，最新数据可在/articles/PR2_rRNA_gene_database/3803709下载。 ?RDP??( HYPERLINK /index.jsp /index.jsp)? ?RDP数据库全称“RibosomalDatabase Project”，该数据库提供质控、比对、注释的细菌、古菌16S rRNA基因和真菌28S rRNA基因序列。RDP是目前较常用的rRNA基因高通量测序后作为比对、注释的参考数据库。此外，还可用于平时菌种鉴定时，对少量rRNA基因测序后的物种进行分类鉴定，此时主要用其Classifier功能（/classifier/classifier.jsp），可非常方便地确定某条rRNA基因序列从门到属/种水平的分类信息并给出各水平相应的置信度。 Greengenes?（/） ??? Greengenes是专门针对细菌、古菌16S rRNA基因的数据库，相比前面提到的RDP和SILVA数据库，该数据库更新速度较慢，目前更新停留在2013年5月更新的gg_13_5版本（可在该网址下载：/downloads/database/13_5），目前较常用于16S rRNA基因高通量测序后进行嵌合体去除的参比数据库。目前，比较火的一个分析——PICRUST，即根据16S rRNA高通量测序结果预测微生物群落功能的分析，也是基于gg_13_5数据库开发的，因此，想做PICRUST分析也必须依托Greengenes的gg_13_5数据库进行比对。 EzBioCloud?（???/dashboard） ???EzBioCloud是与Greengenes数据库类似，也是专门针对细菌、古菌16SrRNA基因的数据库，但其特点是以可培养的细菌、古菌16S rRNA基因序列为主。该数据库对与2016年10月1日进行了网站更新，其中最常用的功能是通过与该数据库比对，确定某16S rRNA基因序列对应物种在数据库中的近缘可培养/模式种，此时用到的是数据库的Identify功能（/identify），网站要求应用该功能时需要先通过邮箱注册后方可使用。相比上面提到的RDP、SILVA和Greengenes来说，该数据库较少用于16S高通量测序后的参比数据库。 PhytoREF（http://phytoref.sb-roscoff.fr/） ??? PhytoREF数据库是专门针对质体（plastid）中16SrRNA基因的数据库。所有陆地、淡水、海洋中的含质体生物16S rRNA基因序列都囊括在该数据库内，包括陆地植物、海洋和淡水大型和微型藻类等的质体。 PFR2（http://pfr2.sb-roscoff.fr/） 浮游有孔虫界（planktonic?Foraminifera?/Rhizaria）是一类在海洋中广泛存在的浮游原生生物，其在海洋碳循环中起重要作用，且其化石可用以生物年代地层和古气候重建。PFR2是专门针对浮游有孔虫界18SrRNA基因的数据库。目前更新版本为1.0，于2015年1月20日释放，包含3322条高质量的浮游有孔虫界18S rRNA基因序列。