分子力学计算.PPT

* 第十六章 常规化学软件的应用 1、HyperChem8.0 软件 2、Chemoffice 软件包 HyperChem 简介 HyperChem软件是HyperCube公司开发的Windows界面程序。是常用的分子设计和模拟软件。 应用： 1、构建复杂的分子模型 2、综合计算与分析? 1. HyperChem软件功能强大，组成模块： (1)构造分子； (2)优化分子结构； (3)研究分子反应； (4)观察轨道和电子图谱； (5)评估化学反应路径； (6)研究分子动力学。 2.建立与显示分子骨架模型： 结构输入和对分子操作。 除了能绘制分子的平面结构，还能够获得分子的空间构型、键长、键角、扭转角、氢键等参数。建立起3D或2D分子结构模型。 几何优化?? 3. 化学计算： 量子化学计算（从头计算，半经验方法，密度泛函计算）：单点计算、几何优化和过渡态寻找计算； 分子力学计算； 分子动力学模拟计算（Langevin，Metropolis Monte Carlo模拟）。 ?4. 可以用来研究的分子特性： 同位素的相对稳定性；生成热；活化能；原子电荷；HOMO-LUMO能量间隔；电离势；电子亲和力；偶极矩；电子能级；过渡态结构和能量；非键相互作用能； 5.模拟分子光谱 分子光谱（振动光谱、电子光谱）是结构化学中非常重要的内容之一。 研究物质的分子光谱，可以使我们了解分子中电子的运动，分子中各原子核的相对振动以及整个分子的转动情况。分子光谱也是现代研究分子结构和进行定性、定量分析的重要方法之一。 HyperChem能够对分子进行振动分析，对振动频率、振动模式、红外吸收强度、电子跃迁等进行计算， 6. 数据库（Database） 氨基酸、核酸、糖类。 6. 其它模块：晶体构造器；糖类构造器，构像搜寻，QSAR特性，脚本编辑器。 Chemoffice 世界上应用最广泛的化学办公软件包 Chemoffice 2005 (9.0)版 Chemoffice 2006 (10.0)版 平台：Windows ChemOffice Ultra 2005包含几大软件: ChemDraw Ultra 9.0：化学结构绘图 Chem3D Ultra 9.0：分子模型及仿真 ChemFinder Pro 9.0：化学信息搜寻整合系统 功能介绍：ChemDraw 模块：世界上最受欢迎的化学结构绘图软件，各论文期刊指定格式。 AutoNom：是Beilsteiny最强的软件，现已内含在ChemDraw Ultra内，它可自动依照IUPAC的标准命名化学结构。 ChemNMR：在ChemDraw 内预测13C和1H的NMR光谱，节省实验的花费。 Name=Struct：输入IUPAC化学名称后就可自动产生ChemDraw结构。 功能介绍： Chem3D模块：提供3D分子轮廓图及分子轨道特性分析，并和数种量子化学软件结合在一起。由于Chem3D提供完整的界面及功能，已成为分子仿真分析最佳的前端开发环境。· ChemProp：预测BP、MP、临界温度、临界气压、吉布斯自由能、logP、折射率、热结构等性质。· Excel Add-on：与微软的Excel完全整合，并可连结ChemFinder。 量子化学计算软件： Gaussian Client：（需要安装Gaussian 03W）CS GAMESS：（需要另外获得GAMESS）MOPAC Pro：已内含在Chem3D Ultra内，搭配Chem3D的图形界面。 分子计算的方法有AM1、PM3、MNDO、MINDO/3和新的MINDO/d。 可以计算瞬时的几何形状及物理特性等。 功能介绍： ChemFinder模块 ：化学信息搜寻整合系统，可以建立化学数据库、储存及搜索，或搭配ChemDraw、Chem3D使用，也可以使用现成的化学数据库。ChemFinder是一个智能型的快速化学搜寻引擎，所提供的ChemInfo是目前世界上最丰富的数据库之一，包含ChemACX、ChemINDEX、ChemRXN、ChemMSDX，并不断有新的数据库加入。ChemFinder可以从本机或网上搜寻Word，Excel，Powerpoint，ChemDraw，ISIS格式的分子结构文件。还可以与微软的Excel结合，可连结的关连式数据库包括Oracle及Access，输入的格式包括ChemDraw、MDL ISIS SD及RD文件。 绘制分子的其它软件： ISISDraw ACD ChemSketch ChemWindow *