刚性多原子分子的正则系综分子动力学算法!-物理学报.PDF

第 卷 第 期 年 月 物 理 学 报 ’’ % ##/ % ， ， ， V)9 ,’’ () ,% DWM89 ##/ （ ） ###523#Q##/Q’’ #% Q /$5#/ DRGD S.TCURD CU(URD ###/ R;8 , S;X* , C): , ############################################################### 刚性多原子分子的正则系综分子动力学算法! 余大启 陈 民! （清华大学工程力学系，北京 ###$% ） （ 年 月 日收到； 年 月 日收到修改稿） ##’ ’ # ##’ ’ 通过将()*+ 所定义的扩展系统哈密顿量推广到刚性多原子分子系统中，严格地推导了刚性多原子分子在正则 系综下的运动方程 在此基础上，证明了依靠所给出的运动方程能得到平衡态的正则分布，并给出了该方程所对应 , 的可逆而守恒的积分格式, 关键词：刚性多原子分子，正则系综，分子动力学算法 ： ， ， ， !## #’# $-’. /#0 -’1 扩展系统的哈密顿量，严格地推导了刚性多原子分 B 引 言 子在!$ 系综下的分子动力学方程，证明了所给出 的方程能得到平衡态的正则分布，并给出了该方程 刚性多原子分子是分子动力学模拟中一类非常 的可逆而守恒的离散化格式, ［— ］ 重要的分子模型 % , 这类模型的模拟一般有两种 可供选择的方法：一种是将其中的各个原子视为相 B 刚性多原子分子的转动动力学 互之间存在约束的作用点，例如 C.DE4 或者 ［］ % 按照经典力学，刚性分子的运动可以分为质心 FDGGH4 算法 ，另一种方法是计算整个分子受到 的作用力和力矩，利用刚体运动方程求解系统的 的平动和绕质心的转动, 在分子动力学中，对转动的 ［，］ 演化% ’ , 描述通常采用四参数（ ， ， ， ）代替欧拉角 ， %# % % %2 ! C.DE4 或FDGGH4 算法虽然操作简便，但是求 ［，］ ， 作为广义坐标% ’ , 通过引入与四参数耦合的广 # 解中的迭代过程不仅影响计算效率，还使系统的演 义角动量（ ， ， ， ）和哈密顿量 ，