DNA测序析常见问题整理.pptVIP

测序结果—峰图 引物 DNA模板 纯化 困难模板 机器影响 ① 引物合成时多（少）一个碱基 ② 引物不纯 ③ 模板上没有引物结合位点 ④ 引物二聚体 ⑤ 双引物结合 ① 模板不纯 ② 点突变（SNP） ③ 移码突变 ④ 杂合子 ⑤ 非单克隆 ① 染料峰 ② 酒精峰 ③ 荧光物质污染 ④ 钉子峰 ⑤ 有机物污染（瀑布效应） ① 特殊结构 ② Ploy结构 ③ 高GC ④ 重复序列 ⑤ 回文结构 ① 毛细管寿命 ② 其它 * Applied Biosystems 3730/3730xl DNA Analyzers DNA测序分析常见问题整理 四色图谱：每一种颜色对应一种碱基 A T C G 影响测序质量的主要因素 一、引物对测序结果的影响 合成时部分引物 多一个碱基 合成时部分引物 少一个碱基 ● 现象：每个峰后面有个同样荧光信 号的小“尾巴”。 ● 原因：合成时引物多一个碱基。 ● 对策：重新合成引物 ● 现象：每个峰前面有个同样荧光信 号的小“尾巴”。 ● 原因：合成时引物多一个碱基。 ● 对策：重新合成引物 引物（模板）不纯 ● 现象：整个峰图噪音都比较高。（区别与小片段的干扰） ● 原因：引物（模板）纯度太低，含有较多杂质 ● 对策： –建议使用HPLC（柱子纯化）或PAGE 纯化的测序引物。 –脱盐纯化的引物纯度较低，适合做普通PCR，但不建议用来测