蛋白质组学数据分析..pptVIP

4.运行ProteinProphet 点击Analysis Pipeline,选择Analyze Proteins 点击，添加文件 选择经PeptideProphet后生成的 Interact.pep.xml文件 其他为默认,点击Run ProteinProphet! 其它参数为默认,点击Run ProteinProphet,即可运行ProteinProphet程序 运行ProteinProphet完成后生 成的interact-prot.shtml 文件可由IE打开. 在IE中输入http://localhost/ISB/data/ZCNI_training/t.shtml,看到经ProteinProphet后的结果为: 7.数据的过滤筛选和将结果保存成Excel文件 在min probability填上0.9,选择export To excel,然后点击Filter/Sort/Discard Checked entries,即可将结果过滤并生成Excel文件. 过滤筛选后生成的excel文件 蛋白可信度 结果编号 蛋白索引号 唯一对应肽段数 对应肽段总数 肽段的氨基酸序列 过滤筛选后生成的excel文件 Thank You! 5.替换数据库 下载蛋白数据库存放到本文件夹 (所使用fasta数据库为所研究种属的蛋白数据库，可从ftp://ftp.ebi.ac.u