基于Repast的细菌趋化性仿真模型探究.pdfVIP

第 2O卷 第 8期 电子设计工程 2012年 4月 Vo1．20 No．8 ElectronicDesignEngineering Apr．2012 基于Repast的细菌趋化性仿真模型研究 郭雪清。宋莉莉 (广州军区武汉总医院信息科 ，湖北 武汉 430070) 摘要 ：实验研究表 明，单细胞生物分子 的随机交互与细胞行为变化存在关联关系，而传统的动力学方程难以描述这 一 特性，Agent建模仿真方法提供一种新 的描述途径 。为了验证该方法的可行性 。文 中以细菌趋化性为例 。基于Repast 平 台对细胞 内部生物化学过程进行Agent建模 ，同时将其运动过程 (行为)在三维环境 中进行显示。 关键词 ：细菌趋化性 ；Agent建模仿真 ；Repast；可视化 中图分类号 ：TP319 文献标识码 ：A 文章编号 ：1674—6236(2012)08—0055—04 ResearchonbacterialchemotaxissimulationbasedonRepast GUO Xue-qing，SONG Li—li (DepartmentofInformation，WuhanGenerdHospitalofGuangzhouCommand，Wuhna430070，China) Abstract： Inrecentyears，experimentalstudyshowedthatbehavioralvariabilityofanindividualcellcouldbetheresultof thestochasticnatureofmolecularinteractions，whichisdifficulttobecharacterizedbytraditional computational models． Agent~basedmodelingandsimulationhasprovidedanew descriptionapproach．Todemonstratetheapproachweusebacterial chemotaxis，anagent-basedmodelforsimultaneouslymodelingbiochemicalprocesseswithindividual cellsandtheassociated motionofcellswithina3Denvironment，whichisimplementedonRepast． Keywords：bacterialchemotaxis；Agent—basedmodelingandsimulation；Repast；visualization 近年来 ，实验研究显示单细胞生物分子的随机交互与其 杂的行为。基于 Agent的建模与仿真方法 已成为研究 CAS最 行为变化存在关联 ．因此即使是基 因完全相同的细胞也可能 具活力和影 响力 的方法之一。 表现出不 同行为 1。这些研究表 明，通过信号进行传递的细胞 Repast是 目前应用最广泛 的、免费、开源 的Agent建模与 分子之间的随机事件对单个细胞 的行为具有重要意义 。而现 仿真工具包 。Repast最早 由美 国芝加哥大学 以及 Argonne国 有大部分计算模型一般仅刻画了生物系统某个方面的特性 ， 家重点实验室 的研究人员开发 。现在 由非盈利性组织 ROAD 如分子组成 ，分子 间相互作用 ，以及细胞行为等 ，细胞 的群体 (RepastOrganizationofrArchitecturenadDevelopment)负责维 特性往往采用微分方程进行描述2[-3]。这些方法都不不足 以反