蛋白质基因组学运用蛋白质组技术注释基因组-JDL联合室.PDF

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2013, 40(4): 297~308 白质基因组学：运用 白质组技术注释基因组* 1, 2) 1) 1, 2) 1, 2) 1, 2) 1, 2) 1, 2) 张昆 王乐珩 迟 浩 卜德超 袁作飞 刘 超 樊盛博 1, 2) 1, 2) 1) 1) 1) 3) 1)** 陈海丰 曾文锋 罗海涛 孙瑞祥 贺思敏 谢 鹭 赵 屹 1) 2) ( 中国科学院计算技术研究所，中国科学院智能信息处理重点实验室，北京 100 190 ； 中国科学院大学，北京 100049； 3) 上海生物信息技术研究中心，上海200235) 摘要 随着高通量DNA 测序技术的飞速发展，越来越多的物种完成了基因组测序 定位编码基因、确定编码基因结构是基 因组注释的基本任务，然而以往的基因组注释方法主要依赖于DNA 及RNA 序列信息 为了更加精确地解读完成测序的基 因组，我们需要整合多种类型的组学数据进行基因组注释 近年来，基于串联质谱技术的蛋白质组学已经发展成熟，实现了 对蛋白质组的高覆盖，使得利用串联质谱数据进行基因组注释成为可能 串联质谱数据一方面可以对已注释的基因进行表达 验证，另一方面还可以校正原注释基因，进而发现新基因，实现对基因组序列的重新注释 这正是当前进展较快的蛋白质基 因组学的研究内容 利用该方法系统地注释已完成测序的基因组已成为解读基因组的一个重要补充 本文综述了蛋白质基因 组学的主要研究内容和研究方法，并展望了该研究方向未来的发展 关键词 蛋白质基因组学，基因组注释，蛋白质组学，质谱技术 学科分类号 Q51，TP39 DOI: 10.3724/SP.J.1206.20 12.00263 截至2012 年4 月，完成基因组测序的物种 先天的优势 近年来，兴起一个利用蛋白质组学 共3 173 个，其 包括原核生物3 000 个，真核生 据进行基因组注释的新研究方向———蛋白质基因组 物 173 个，另外有 10 506 个基因组测序工程正在 学(Proteogenomics)，本文就该研究方向做一综述： 进行当 (Genome Online Database，http ://www. 首先介绍基因组注释的概念，阐述蛋白质基因组学 ) 确定基因的位置和结构是进一 对基因组注释的重要性，然后总结蛋白质基因组学 步研究其生物功能的基础，但要在庞大的基因组 的研究内容和研究方法，最后展望蛋白质基因组学 中，尤其是复 的真核生物基因组中精确地寻找 未来的发展 编码序列并确定其结构，仍然是一项宏大且复 的 1 基因组注释与蛋白质基因组学 工程 相对于基因组学和转录组学，蛋白质组学直接 1.1 基因组注释 研究编码基因翻译出的蛋白质产物，比转录组学注 基因组注释是在基因组上确定基因及其他元件 释基因组获得的结果更直接，而且可以发现由于知 的位置和结构，并赋予这些基因和元件生物功能的 识不足导致的基因从头预测算法遗漏的基因和基因 过程 按照Stein[1]的观点，基因组的注释分为三个 结构注释的错误；此外，蛋白质存在特有的翻译后 处理现象(如翻译后修饰和信号肽)，这些现象作为 对基因组的进一步注释是基因组学和转录组学方法 * 国家重点基础研究发展计划(973)(20 10CB912701, 2010CB9 12702) 所无法替代的 这两点使得蛋白质组学在提