基于序列物理化学特征的启动子预测研究-生物物理学专业论文.docxVIP

摘要 摘要 I I 摘要 在基因表达的过程中，启动子是其必不可少的调控元件，它决定了基因表达的 开始时机和表达强度。启动子在改变基因表达、研究代谢调控、构建表达系统等 方面都有着举足轻重的作用。随着后基因组时代的到来，大量的基因组测序数据 的产生，如何研发出能够快速、有效地辨别启动子位置的方法，是目前表观遗传 学的重点研究内容。目前存在的一些计算方法中通常存在一定的局限性，比如没 有考虑 DNA 物理结构特征、没有考虑全局关联关系、没有进行特征筛选分析等， 因此本文开发一种新的预测方法来进行启动子的识别。 本文针对原核生物 σ54 启动子识别进行了生物信息学的研究，在引入新的特征 提取方法的基础上，分类预测精度得到了较大的提高，而且根据本文使用的方法， 开发了在线服务软件 iPro54-PseKNC，以供相关的研究人员使用。 首先，我们使用了一种新的特征提取方法——伪 k 联体核苷酸组分，即把碱 基对的六种物理空间结构参数引入进来，而不是仅仅提取 DNA 序列的 k 联体频率 数据。然后，我们采用支持向量机的分类算法对启动子识别进行预测，jackknife 交叉验证的结果显示 iPro54-PseKNC 在 σ54 启动子的预测上取得了较高的精度。为 了验证本文所开发软件的性能优越性，我们做了一些对比试验，选取了实验已经 证实的启动子序列，将其进行了全面的对比后发现，本文研究的方法