11-9-22 生物信息学资源教材编辑.pptVIP

提纲: 模式生物测序 3大核酸数据库 蛋白质数据库 主要的数据库资源 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等， 蛋白结构数据库有PDB, MMDB等， 3大核酸数据库 基因组数据库的相关背景。 主要的基因组数据库资源。 重点介绍GenBank ATTGACTA Primary vs. Derivative Databases ACGTGC TTGACA CGTGA ATTGACTA TATAGCCG ACGTGC ACGTGC ACGTGC TTGACA TTGACA TTGACA CGTGA CGTGA CGTGA ATTGACTA ATTGACTA ATTGACTA ATTGACTA TATAGCCG TATAGCCG TATAGCCG TATAGCCG GenBank TATAGCCG TATAGCCG TATAGCCG TATAGCCG AT GA C ATT GA GA ATT ATT C C GA GA ATT C C GA GA ATT ATT C C GA GA ATT C C Sequencing Centers GA GA ATT C C GA GA ATT C C UniGene RefSeq Genome Assembly Labs Curators Algorithms TATAGCCG AGCTCCGATA CCGATGACAA 三大基因数据库 GenbankGenbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。NCBI的网址是：。 EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，查询检索可以通过通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。数据库网址是：http://www.ebi.ac.uk/embl/。 DDBJ数据库日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库，与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。使用其主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析。DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。 GenBank Public free Available via Internet EMBL Data Library DDBJ (DNA Data Bank of Japan) 三大基因数据库之间的关系 / http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html http://www.ebi.ac.uk/embl/ 美国的核酸数据库GenBank〖Banson,D.A. et al. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 1-7〗从1979年开始建设，1982年正式运行； 欧洲分子生物学实验室的EMBL数据库也于1982年开始服务 http://www.ebi.ac.uk/embl/ http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html 日本于1984年开始建立国家级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务。 / http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html http://www.ebi.ac.uk/embl/ GenBank/ The National Institutes of Health Lister Hill Natcher Bethesda, MD NCBI Web Traffic Users per day 300,000 200,000 100,000 400,000 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 500,000 600,000 2005 Christmas and New Year’s Day 提纲: 模式生物测序 3大核酸数据库 蛋白质数据库 蛋白质数据库 生物信息学 Bioinformatics 复习: 细胞 蛋白质 核酸 第二章 生物信息学的生物学基础 Questions: 1. 蛋白质二级结构有哪些？ 2. TSS,外显子和内含子的概念。 3. 如何判断起始密码子和终止密码子？内含子？ 请画出示意图: 1. 中心法则 2. 真核生物基因的一般结构 核酸 中心法则 复制 DNA 转录 逆转录 复制 RNA 蛋白质 翻译