生物信息学(研)(1).ppt

生物信息学概况 王依满 生物信息学的研究内容 广义地说，生物信息学从事对基因组研究相关生物信息的获取、加工、存储、分配、分析和解释。 具体地说，生物信息学是把基因组ＤＮＡ（脱氧核糖核酸）序列信息分析作为源头，找到基因组序列中代表蛋白质和ＲＮＡ（核糖核酸）基因的编码区。阐明基因组中大量存在的非编码区的信息实质，破译隐藏在ＤＮＡ序列中的遗传语言规律。在此基础上，归纳、整理与基因组遗传信息释放及其调控相关的转录谱和蛋白质谱的数据，从而认识代谢、发育、分化、进化的规律。 生物信息学的研究内容 获取人和各种生物的完整基因组 发现新基因和新的单核苷酸多态性 （1）基因的电脑克隆 （2）从基因组 D NA序列中预测新基因 （3）发现单核苷酸多态（ SNP） 基因组中非编码区信息结构分析 在基因组水平研究生物进化 完整基因组的比较研究 从功能基因组到系统生物学 蛋白质结构模拟与药物设计 1、生物信息学的产生 生物信息学（bioinformatics)是20世纪80年代未随着人类基因组计划（Human genome project)的启动而兴起的一门新的交叉学科。生物信息学的产生和发展仅有十几年的时间---bioinformatics这一名词在1991年左右才在文献中出现，还只是出现在电子出版物的文本中。 事实上，生物信息学的存在已有30多年，只不过最初常被称为基因组信息学。 分析工具 除了数据库、网络组织管理、生物序列的分析比较、基因和蛋白结构和功能的预测等以外，生物信息学还需要发展一系列相应的分析工具，如 1.快速、严格的多序列比较工具 2.遗传疾病分析，从单基因疾病研究向多基因疾病并包括环境因素在内的多因子分析等 生物信息学数据库概况 据2008《核酸研究》（Nucleic acid research）统计，全球共有1078个主要的分子生物学数据库，涵盖生物学研究的诸多领域，并逐渐向专门化、专业化方向发展。 《核酸研究》将生物信息数据库主要划分14大类-------- .Nucleotide sequence databases .Protein sequence databases .RNA sequence databases .Structure databases .Genomics databases .Metabolic and signaling pathways .Human and other vertebrate genomes .Human genes and diseases .Microarray data and other gene expression .Protein resources .Other molecular biology databases .Organelle databases .Plant databases .Immunological databases 生物信息学数据库类型 初级数据库：收录存贮生物信息学的基本数据资源，如核酸序列、蛋白结构、基因组信息等 次级数据库： 在初级数据库基础上整理、标注，为特定专业领域服务的派生数据库，如表达序列标记、微阵列、遗传疾病数据库等 系统生物学数据库：发展方向是构建包含完整生物信息的细胞、组织数据（模拟）系统，在更高层次上分析解释生命的基本规律 初级数据库 核酸序列数据库 蛋白质序列数据库 生物大分子三维结构数据库 基因组数据库 核酸序列初级数据库 以核苷酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界三大核酸数据库 1.GENBANK () 2.EMBL (http://www.ebi.ac.uk/embl ) 3.DDBJ(http://www.ddbj.nlg.ac.jp) 1998年，三大库共同成立国际核酸序列数据库协会（INSDC, ）. 蛋白质序列初级数据库 以蛋白质氨基酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界主要蛋白质序列数据库 1. PIR –PSD(protein information resource-protein sequence database),由美国国家医学研究基金会1984年创建， 1988年，日本国际蛋白质信息库JIPID和德国蛋白质信息中心MIPS加入PIR，成立国际蛋白质信息中心（PIR-international） 蛋白质序列初级数据库