水稻Dof转录因子家族的鉴定与生物信息学分析探究.pdfVIP

江苏农业学报（ＪｉａｎｇｓｕＪ．ｏｆ Ａｇｒ．Ｓｃｉ．），２０１５，３１（６）：１１９１～１１９８ ｈｔｔｐ：／ ／ ｗｗｗ．ｊｓｎｙｘｂ．ｃｏｍ １１９１ 纪剑辉，周颖君，杨　 雯，等． 水稻Ｄｏｆ 转录因子家族的鉴定与生物信息学分析［Ｊ］．江苏农业学报，２０１５，３１（６）：１１９１⁃１１９８． ｄｏｉ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１０００⁃４４４０．２０１５．０６．００１ 水稻Ｄｏｆ 转录因子家族的鉴定与生物信息学分析 纪剑辉，　 周颖君，　 杨　 雯，　 谢　 晶，　 华　 慧，　 杨立明 （淮阴师范学院生命科学学院／ 江苏省环洪泽湖生态农业生物技术重点实验室／ 江苏省区域现代农业与环境保护协同创新中 心，江苏 淮安 ２２３３００） 　 　 摘要：　 为了在全基因组水平上鉴定水稻Ｄｏｆ 转录因子家族基本生物学特征，本研究对３０个水稻Ｄｏｆ 转录因 子进行了聚类及功能结构域的分析。 结合蛋白质氨基酸序列比对结果，明确了该家族所有基因均具有高度保守的 Ｄｏｆ 结构域；此外，对水稻、拟南芥、二穗短柄草和高粱中Ｄｏｆ 家族同源基因的聚类分析表明该家族基因在植物中具 有高度同源性。 利用ＭｅＭｅ程序进一步分析了水稻Ｄｏｆ 转录因子家族的基序特征，结果与聚类分析具有一致性；通 过对染色体复制情况的研究，明确了部分Ｄｏｆ 基因在水稻本身以及水稻与其他物种之间存在种内和种间的局部染 色体复制；结合生物芯片数据，进一步研究了水稻Ｄｏｆ 基因在不同组织中的表达，结果显示部分Ｄｏｆ 基因在叶片或 根、茎部位呈现高表达，部分Ｄｏｆ 基因在生殖器官呈现高表达，推测这些Ｄｏｆ 基因可能参与这些特定组织的发育。 关键词：　 水稻； Ｄｏｆ 转录因子家族； 进化分析 中图分类号：　 Ｓ５１１０３５３　 　 　 文献标识码：　 Ａ　 　 　 文章编号：　 １０００⁃４４４０（２０１５）０６⁃１１９１⁃０８ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｄｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒｓ ｆａｍｉｌｙ ｉｎ ｒｉｃｅ ＪＩ Ｊｉａｎ⁃ｈｕｉ，　 ＺＨＯＵ Ｙｉｎｇ⁃ｊｕｎ，　 ＹＡＮＧ Ｗｅｎ，　 ＸＩＥ Ｊｉｎｇ，　 ＨＵＡ Ｈｕｉ，　 ＹＡＮＧ Ｌｉ⁃ｍｉｎｇ （Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｈｕａｉｙｉｎ Ｎｏｒｍａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ／ Ｊｉａｎｇｓｕ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙｆｏｒ Ｅｃｏ⁃ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｒｏｕｎｄ Ｈｏｎｇｚｅ Ｌａｋｅ／ Ｊｉａｎｇｓｕ Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ ｏｆ ＲｅｇｉｏｎａｌＭｏｄｅｒｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ ＆Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ 〈ＪＣＩＣ⁃ＲＭＡＥＰ〉，Ｈｕａｉ′ａｎ ２２３３００，Ｃｈｉｎａ） 　 　 Ａｂｓｔｒａｃｔ：　 Ｆｏｒ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｒｉｃｅ Ｄｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒｓ，ｔｈｅ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｄｏｍａｉｎ ｏｆ ３０ ｒｉｃｅ Ｄｏｆ ｇｅｎｅｓ ｗｅｒｅ ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｅｄ．Ｔｏｇｅｔｈｅｒｗｉｔｈｔｈｅｐｒｏｔｅｉｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓａｌｉｇｎｍｅｎｔ，ｉｔｗａｓｃｏｍｆｉｒｍｅｄｔｈａｔ ａｌｌＤｏｆ ｇｅｎｅｓｃｏｎ⁃ ｔａｉｎｅｄ ｔｈｅ ｈｉｇｈｌｙ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｄｏｍａｉｎ． Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎａｌｙｓｉｓ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｔｈｅ Ｄｏｆ ｇｅｎｅｓ ｗｅｒｅ ｈｉｇｈｌｙ ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｉｎ ｒｉｃｅ ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ｐｌａｎｔｓ（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ，Ｂｒａｃｈｙｐｏｄｉｕｍ ｄｉｓｔａｃｈｙｏｍ ａｎｄ Ｓｏｒｇｈｕｍ ｂｉｃｏｌｏｒ）． Ｔｈｅ ＭＥＭＥ⁃ｄｅｆｉｎｅｄ ｍｏｔｉｆ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ ｏｆ Ｄｏｆ ｇｅｎｅｓ ｆａｍｉｌｙ ｗａｓ ｉｎ ａｃｃｏｒｄａｎｃｅ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｌｕｓｔｉｎｇ ａｎａｌｙｓｉｓ． Ｔｈｅ ｅｘｉｓｔｅｎｃｅ ｏｆ ｔｈｅ ｉｎｔｒａｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｄ ｉｎｔｅｒｓｐｅ