弧菌分类及常用鉴定方法的研究进展【文献综述】.docVIP

毕业论文文献综述 生物工程 弧菌分类及常用鉴定方法的研究进展 摘要：随着人们对于弧菌的认识需不断深入，必需对其建立一个稳定的实用的分类鉴定系统。常用的分类鉴定方法有表型特征分类鉴定、遗传型分类鉴定等，但他们都存在一定的弊端。本文就弧菌分类、分类鉴定的常用方法以及分类鉴定的新进展进行了综述。 关键词：弧菌 溶藻弧菌 16S rRNA 分类鉴定 弧菌属（Vibrio）隶属于γ-变形杆菌纲弧菌科，是菌体短小的革兰氏阴性菌，体长约0.5×(1～5)微米，通常呈运动杆状、直或弯曲成杆状，嗜温，化能有机营养型，也可以进行兼性厌氧发酵，一般可以在海水琼脂及选择性培养基TCBS上生长，大多数氧化酶活性阳性[1]。弧菌在水生环境中分布广泛，与真核生物（如鱼、虾、人等）有密切的关系。某些弧菌是重要的水产养殖动物的病原菌，有些还是人类的致病菌，严重的甚至致人死亡。然而，除了作为病原菌，弧菌在生态环境中也具有不可取代的作用。弧菌可以吸收溶解的有机物质，从而对水环境中的营养循环起作用；某些弧菌可以分解几丁质，增加了氨基糖的来源；还有的弧菌可以降解多元环芳香烃以及产抗生素等等。 溶藻弧菌( Vibrio alginolyticus) 属于弧菌属，无芽孢、荚膜，单独存在或尾端相连，为嗜盐嗜温性、兼性厌氧的海生弧菌[2]。以前被认为是副溶血弧菌的生物型，1974年《伯杰氏细菌鉴定手册》中将它列为副溶血弧菌Ⅱ型，后证实两者的DNA中G + C含量不同，1984版把它从副溶血弧菌中划分出来，成为一个独立的种[3]。 溶藻弧菌广泛分布于世界各地海水及河口处[4]，数量居海水类弧菌之首[5]，是鱼、虾、贝等海水养殖动物的条件致病菌。溶藻弧菌为嗜温菌，从夏季到冬季，由赤道向两极随着温度的降低其数量也明显减少[6]，其对养殖动物的致病性也多发生在夏季[7]。此外，溶藻弧菌对人的致病性也有大量报道, 可引起人食物中毒，可经创面感染人体引起蜂窝组织炎、中耳炎，甚至引起败血症等肠道外感染[8]。 1. 弧菌的分类 从1854年，意大利医师Filippo Pacini发现第一种弧菌开始到2002年，弧菌种类已增加至47种，而且每年都有新的弧菌被发现及鉴定，弧菌属所包括的种类也会越来越多。2004年，Thompson等通过16S rRNA，recA与rpoA基因序列分析，将弧菌划分为4个科，即Salinivibrioaceae，Enterovibrioaceae，Photobacteriaceae，Vibrionaceae。Vibrionaceae只包含弧菌属这一个属，属中包括除了V.fischeri群之外所有的63种弧菌。其中，通过对16S rRNA，23S rRNA，recA，gyrB等进行序列分析及表型分析显示，V. cholerae和V. mimicus应当列入属的行列，但是这两个却是弧菌属的成员。同时有人表示，弧菌属是一个独立的系统发育群，可以提升至科的行列来进行研究。像这样的问题仍有待进一步研究讨论[9]。 随着弧菌数量不断增多，人们对于弧菌的认识需不断深入，必需对其进行系统的分类鉴定。因此建立一个稳定的实用的分类鉴定系统是当务之急。 2．弧菌基因的分子鉴定 核糖体RNA（rRNA）分子存在于所有细胞生物中，rRNA基因与细菌整个基因组的变化相比，有高度的保守性。其本身的进化就反映了生物系统发育历史，因此可以用来重现所有细胞生物间的进化关系[10]。另外，由于其在细菌染色体上存在多个拷贝，现已作为标记基因广泛应用于细菌分类学和细菌的分子流行病学研究中。 分类学历史上5S，16S，23S rRNA基因都曾用于细菌包括弧菌的分类鉴定中，它们是系统发育研究的标志分子，被称为“分子计时器”[11]。其中16S rRNA基因序列的应用最普遍，由于16S rRNA基因核苷酸序列总长度适宜，结构完整，利用16S rRNA基因分析，不仅速度快，而其精度更高，适于分析大量弧菌的种群变化规律研究[12,13]。将样本中16S rRNA的基因片段，通过克隆、测序或酶切、探针杂交获得16S rRNA序列信息，再与16S rRNA数据库中的序列数据或其他数据进行比较，确定其在进化树中的位置，从而鉴定样本中可能存在的微生物种类[14]。然而，16SrRNA基因在弧菌的分类鉴定中却存在一定的问题，我们可以借助于16S rRNA基因的测序及比对分析，将弧菌鉴定到属乃至科的水平，但鉴定至种的水平就存在一定难度，因为在弧菌科中，16S rRNA序列的相似性高达97.6%以上，有些弧菌种之间的相似度甚至接近100％[15,16]。 因此，我们必须寻找新的用于鉴定的标志分子来增强我们对于弧菌分类的认识。其他已被使用过的标志分子有hsp60，gyrB[17,18]，recA[19,20]，rpoA，rp