广义多样性增量结合关键位点对核小体定位预测作用的研究-计算机科学与技术专业论文.docxVIP

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2019-04-12 发布于上海
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广义多样性增量结合关键位点对核小体定位预测作用的研究-计算机科学与技术专业论文.docx

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广义多样性增量结合关键位点对核小体定位预测作用的研究生物普遍性、不同物种间的核小体关键位点规律类似、除关键位点外的其他核心DNA位点决定了物种性状的多样性的重要规律。关键字：核小体定位；广义多样性增量：核心DNA；关键位点；支持向量机万方数据内蒙古大学硕士学位论文THESTUDYOFGENERALIAZEDINCREMENTOFDⅣERSITYCoMBININGWITHKEYSITESONNUCLESOMEPoSITIoNINGPREDICTIONEFFECTABSTRACTInvestigationofthenucleosomepositioningacrosseukaryoticgenomesisverymeaningfultounderstandbiologicalprocesses．Developingtheoreticalorcomputationalmethodsforpredictingnucleosomepositioningalonggenomebasedonthemassiveexperimentdatabecomeshotfieldofbioinformatics．Althoughnucleosomepositioningtheoryhasmadesomeprogress，thepositionofthenucleosomestillcannotbeaccuratelydetermined．Weshouldimprovetheaccuracyofnucleosomepositioningbyfurtherexperimentalmeans．ThisthesisproposesthealgorithmofGeneralizedIncrementofDiversity，andthekeysitesonthecoreDNA，thenpresentssomepredictingnucleosomecoreDNAmodelsaroundGeneralizedIncrementofDiversityandthekeysitescombinedwithsupportvectormachine(SVM)．Themainresearchisasfollows：(1)Thekeysitesarepresentinthethesis，thenbasedonk-merfrequencyincoreDNA，thisthesisraisesacomputationalnucleosomepredictingmodelbasedonthekeysitescombinedwithSupportVectorMachine．ThemodelisusedtopredictnucleosomeDNAandlinkerDNAinS．cerevisiae．ThemodelofkeysitescombinedwithID—SVMobtainsgoodperformancewithanaveragetotalaccuracyof72．56％．(2)GeneralizedIncrementofDiversityispresentinthisthesis，thenbasedonk-metfrequencyincoreDNA，thisthesisproposesacomputationalnucleosomepredictingmodelofGeneralizedIncrementofDiversitycombiningwithkeysits，andmodelpredictsnucleosomecoreDNAandlinkerDNAinS．cerevisiae．ThegID—SVMmodelobtainsgoodperformancewithaverageofaccuracyof85．35％，andtheaccuracyofmodelkeysitescombinedwithglD—SVMis82．53％．(3)ThepredictionmodelsareexpandedtopredictthenucleosomecoreDNA万方数据￡整兰堡堡塑量堕全茎壁垒皇翌坚!：竺塞垡蔓型堡旦堕旦垄andlinkerDNApredictioninothereukaryote．ThesisuseskeysitescombinedwithGeneralizedIncrementofDiversitytopredictcoreDNAandlinkerDNAinchicken．Thepredicationresultsaregood．TheaccuracyofmodelkeysitescombinedwithID—SVMis89．03％，modelgID．SVM’Saccura