芸薹属作物花粉发育相关基因MS1的生物信息学分析.pdfVIP

南方农业学报 JournalofSouthernAgriculture 2017，48（12）：2122-2128 ·2122 · ISSN2095-1191；CODENNNXAAB 南 方 农 业 学 报 48卷 DO ：10.3969/j.issn.2095-1191.2017.12.02 芸薹属作物花粉发育相关基因MS1的 生物信息学分析 1 1 2 唐文武 ，吴秀兰 ，李桂花 1 2 （肇庆学院 生命科学学院，广东 肇庆 526061 ；广东省农业科学院 蔬菜研究所，广州 510640） 摘要：【目的】利用生物信息学分析芸薹属作物MS 1基因的结构功能，为作物杂种优势利用提供理论参考。【方法】以 拟南芥花粉发育关键基因AtMS 1为参考序列，通过BLAST 比对获得同源基因序列，运用生物信息学方法对其编码氨基 酸序列进行预测分析。【结果】从甘蓝型油菜、白菜、甘蓝等芸薹属作物基因组中获得4条同源序列，与AtMS 1基因的相似 性在88.0%以上，均含有3个外显子，其CDS序列长度均为2004 bp ，编码667个氨基酸。4个芸薹属作物MS 1蛋白均含有1 个植物同源结构域（Plant homeodomain ，PHD），属于亲水性不稳定蛋白，定位于细胞核，磷酸化以丝氨酸（Ser）为主，以 苏氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）为辅；二级结构均由α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲组成，其中α-螺旋所占比例最高， 在40.00%以上，β-转角所占比例最低，仅为10.00%左右；其三级结构大致相同，均为球状的功能结构域。4个芸薹属作物 MS 1蛋白和AtMS 1蛋白序列的相似性为95.69%。4个芸薹属作物MS 1蛋白的PHD结构域序列高度保守，仅有3个位点氨 基酸残基存在差异。19个不同植物的MS 1同源蛋白聚为两大类，其中琴叶拟南芥、亚麻荠、萝卜的MS 1蛋白与4个芸薹 属作物MS 1蛋白及拟南芥AtMS 1蛋白聚为一类，均属于十字花科植物，即MS 1蛋白的聚类结果与植物系统分类结果相 吻合。【结论】芸薹属作物MS 1基因属于PHD-finger基因家族，其序列高度保守，参与调控花粉发育成熟过程。 关键词：芸薹属；MS 1基因；生物信息学；花粉发育；同源序列 中图分类号：S634.03 文献标志码：A 文章编号：2095-1191（2017 ）12-2122-07 Bioinformaticsanalysisforpollendevelopmentrelatedgene MS1of Brassicacrops 1 1 2 TANG Wen-wu ，WU Xiu-lan ，LI Gui-hua 1 2 （College of Life S