曙光4000H中科院计算所生物信息学试验室.ppt

生物信息处理专用计算机研究与开发（曙光4000H）验收报告 徐志伟 中国科学院计算技术研究所 中国科学院北京基因组研究所 主要内容 课题研究背景 课题执行情况评价 取得的成果的水平和作用 研究队伍的建设和人才培养 组织管理工作 下一步工作设想 研究背景 人类基因组计划引爆生物信息的大发展 计算成为了生物学家的重要研究工具 蛋白质结构的预测 序列联配和序列拼接 用于生物信息学的计算计系统不断升级 普通的台式机 工作站、服务器 高性能的对称多处理器系统 大规模并行计算机系统 生物数据库的增长趋势及挑战 到2004年底GenBank中的DNA序列总量已超过445亿碱基对 相对增长量和绝对增长量都很大≈摩尔定律 庞大的基因数据库为更加准确地进行生物信息的分析提供了可能 算法的计算复杂度高 对计算能力提出了挑战 解决方案之一：研制更复杂的通用巨型计算机系统 BlueGene/L： 65536颗700MHz主频的PowerPC440 360TFlops 未来的1年之内规模再增加一倍 分子动力学 通用系统的优缺点 利用通用型巨型机的优点 计算机用途广泛 程序移植方便 利用通用型巨型机的缺点 费用高 通用型巨型机的价格非常昂贵 维护费用高（电力、制冷、场地、管理等） 效率低 性能提高的速度难以跟上生物信息处理的需要 生物信息处理算法受计算机内硬件资源制约 生物信息学中算法