2016 研究生 生物信息学 蛋白部分（上机）_2.pptxVIP

蛋白质序列分析一、蛋白质一级结构分析1、蛋白质序列比对2、蛋白质的基本理化性质3、疏水性分析4、跨膜区预测5、信号肽预测EXPASY 资源预览UniProtKB/Swiss-Prot ENZYMEPROSITESWISS-2D PAGESwiss-Model RepositoryetcDatabaseEXPASYProteomics toolPrimary analysisSturcture predictionModificationPattern searchSimilarity search etcTools1.1. BLAST：分析蛋白质的同源性进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页（/resources)选择“Blast”序列分析软件（ /blast/ )在blast主页粘贴序列进行分析蛋白质的同源性直接输入/blast/1、输入蛋白质序列2、选择合适的数据库，限制物种3、调整参数4、运行Blast1、贴入蛋白质序列4、运行Blast比对的数据库该序列结构域信息（PROSITE数据库信息）图形化比对结果可能匹配的序列列表BLAST结果评价Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，一般来说，匹配片段越长、 Score值越大，则相似性越高 。E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残基（或碱基）随机排列的序