2016 研究生 生物信息学 蛋白部分（上机）_1.pptxVIP

UniProKB数据库 实例： 获取SOD1人超氧化物歧化酶的功能及结构信息。输入 以人类SOD1为例，介绍Uniprot数据库中贮存形式输入目标蛋白选择目标数据库点击查找选择物种为人的SOD1蛋白最常见物种快速导航栏方便查找蛋白主要的功能特征序列注释GO分析分子功能、生物过程Gene Ontology（GO分类）Gene Ontology包含了基因参与的生物过程，所处的细胞位置，发挥的分子功能三方面功能信息，并将概念粗细不同的功能概念组织成DAG（有向无环图）的结构。Gene Ontology是一个使用有控制的词汇表和严格定义的概念关系，以有向无环图的形式统一表示各物种的基因功能分类体系，从而较全面地概括了基因的功能信息。在基因表达谱分析中，GO常用于提供基因功能分类标签和基因功能研究的背景知识。利用GO的知识体系和结构特点，旨在发掘与基因差异表达现象关联的单个特征基因功能类或多个特征功能类的组合。命名及物种正式名称别名物种亚细胞定位GO：细胞组分蛋白缺陷所涉及的疾病 OMIM链接在线人类孟德尔遗传蛋白质的翻译后修饰蛋白质表达蛋白质参与的相互作用STRING数据库中SOD1蛋白与其他蛋白相互作用信息蛋白质结构点击进入PDB数据库中该蛋白的链接蛋白家族和结构域Prosite数据库中的保守结构域Prosite数据库中的人SOD1蛋白的保守结构域蛋白质序列FASTA格式序列FASTA