海水及海水养殖场沉积物中微生物遗传多样性研究-生物化学与分子生物学专业论文.docxVIP

中山大学硕士学位论文摘 中山大学硕士学位论文 摘 要 海洋微生物不仅在海洋生态环境和物质循环中具有极其重要的作用，也是 各种新型生物活性物质的潜在来源。由于世界面临严重的资源、环境、人口问题， 海洋微生物资源的开发与多样性研究已经成为世界关注的热点之一。海水养殖区 是重要的海洋功能区，近年来我国的海水养殖业发展迅速，已经形成了巨大的规 模，但也给养殖区所在区域的生态环境带来影响，表现在水体的富营养化，底层 沉积物的有机质和营养盐含量上升等。海水养殖区沉积物作为～类特别的海洋生 态环境，其中的微生物的组成、结构乃至其在整个养殖区环境的维持过程中的功 能引起了人们的兴趣。本论文采用核糖体小亚基(SSU)16S rRNA基因作为指标， 对北半球太平洋西部靠近赤道海域海水及我国福建省东山县海水养殖场沉积物 中的真细菌和古细菌多样性进行研究。通过提取海水和沉积物样品盼总DNA， 以PCR的方法构建16S rRNA基因文库，在对文库阳性克隆PCR—RFLP分析的基础 上，对部分克隆进行测序并用BLAST程序对基因库进行同源序列搜索，以PAUP 软件构建了相关类群的系统发育树。 海水真细菌165 rDNA文库的分析表明， q簇变形细菌 (A1phaproteobacteria)为文库中的优势类群，文库所测的41个克隆中有21 个与来自n一变形细菌的序列较为相似，占了51．2％。此外还有18个克隆与来 自未培养或未鉴定的细菌序列相似，两个与来自蓝细菌(Cyanobacteria)的序 列相似，表明文库存在者相当的多样性。我们尝试用同样的方法构建海水样品古 细菌16S rDNA文库，但没有成功，提示在该海域的海水中可能没有古细菌的存 在。 养殖场沉积物真细菌16S rDNA文库的分析表明，文库有着极高的多样性。 在文库中，发现了变形细菌(Proteobacteria)、绿色非硫细菌(Green Nonsulfur Bacteria，Chloroflexi)等八个类群的相似序列。变形细菌为文库中的优势类 群，文库所测的36个克隆中有14个与之相似，占了38．9％。此外文库还有一大 特点，即绿色非硫细菌在文库中也有相当高的比例，所测序的36个克隆中有8 个与之相似，占了22．2％。对养殖场沉积物古细菌16S rDNA文库的分析表明- 17个序列与Euryarchaeota古细菌门的序列相似，占了总序列数的43．6％，有11 个序列与来自Crenarchaeota古细菌门的序列相似，占了总序列的28．2％，此外 还有11个序列与来自古细菌的一些环境克隆子的序列相似，表明我们古细菌文 中山大学硕士学位论文库的多样性是极高的。对所获得的16S 中山大学硕士学位论文 库的多样性是极高的。对所获得的16S rDNA序列进行系统发育分析表明，在大 的类群上我们所测得的序列与国外的相关报道大体较一致。 关键词 西太平洋赤道海水养殖场沉积物真细菌古细菌 遗传多样性16S rDNA Il 中山太学硕士学位论文ABSTRACT 中山太学硕士学位论文 ABSTRACT Marine microorganisms not only play an important role in marine environment and substance circling，but also are potential sources for biological active substances．In face of severe problems such as resource limitation，environmental pollution，population pressure，marine microorganism diversity and resource development have become one of the research focuses．Aquafarms are important functional areas in the ocean．In recent years，there is a great development in ratine aquiculture industry in our country．Nevertheless，mrine aquiculture industry has influenced the environment severely as it develops．Because of the remnant bait and dejecta，the seawater in aquafarms becomes excess—nutritious，and the sediment