第四章 分子进化与系统发育分析教材编辑.pptVIP

生物信息学;生物进化理论;研究生物进化历史的途径;分子进化;分子进化的模式;DNA突变的模式;核苷酸替代：转换 颠换;基因复制：单个基因复制;基因复制：基因组复制; 物种分类及关系：从物种的一些分子特性出发，构建系统发育树，进而了解物种之间的生物系统发生的关系 —— tree of life 大分子功能与结构的分析：同一家族的大分子，具有相似的三级结构及生化功能，通过序列同源性分析，构建系统发育树，进行相关分析；功能预测 进化速率分析：例如，HIV的高突变性；哪些位点易发生突变？; Tree of Life: 16S rRNA;Out of Africa;同源物定义;paralogs;异源基因或水平转移基因 xenologous or horizontally transferred genes;同源性与相似性;序列同源性模型中的进化假设;本章内容提要;第一节，密码子偏好及分析;标准密码子;大肠杆菌RNA聚合酶;大肠杆菌RNA聚合酶 (2);tRNA Anticodon;碱基出现的频率;分子???化的理论;同义替代 vs. 非同义替代;基因的编码区和非编码区;分子进化选择压力;编码区：密码子;密码子偏好的应用及计算;RSCU;密码子相对适应度The relative adaptiveness of a codon ;大肠杆菌 酵母;CAI：密码子适应指数Codon A