基因表达过程中涨落与延迟作用机制的研究-物理化学专业论文.docx

研究生优秀毕业论文 中国科学技术大学学位论文原创性声明本人声明所呈交的学位论文，是本人在导师指导下进行研究工作所取得的成果。除已特 中国科学技术大学学位论文原创性声明 本人声明所呈交的学位论文，是本人在导师指导下进行研究工作所取得的成果。除已特 别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含任何他人已经发表或撰写过的研究成果。与我一 同工作的同志对本研究所做的贡献均已在论文中作了明确的说明。 作者签名 签字日期：2鱼!选』目垒璺 中国科学技术大学学位论文授权使用声明 作为申请学位的条件之一，学位论文著作权拥有者授权中国科学技术大学拥有学位论 文的部分使用权，即：学校有权按有关规定向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子 版，允许论文被查阅和借阅，可以将学位论文编入《中国学位论文全文数据库》等有关数据 库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。本人提交的电子 文档的内容和纸质论文的内容相一致。 保密的学位论文在解密后也遵守此规定。 作者虢疟缝遣 导师繇 血 豸炙开 口保密(——年) 签字日期：兰!鉴茎!旦生旦 签字日期： 囟孥』目调 万方数据 摘要摘要 摘要 摘要 合成生物学是生物科学在2l世纪发展起来的一个新分支。利用合成生物学 技术，人们可以在生物体系内构建人工基因调控网络，并利用这些网络实现工程 应用或者进行科学研究。基因开关是一种重要的基因调控网络，它可以实现双稳 甚至多稳特性。基因开关体系的研究对理解细胞的同化现象或分化现象，有十分 重要的理论和现实意义。 基因开关涉及到亚细胞层次上的生物化学反应。一方面，基因表达是典型的 介观生物反应，其涨落效应非常显著：另一方面，基因表达过程中存在明显的时 间尺度分离，例如蛋白质的二聚反应、蛋白质和基因的结合、解离反应等都是典 型的快反应，而转录和翻译蛋白的过程是明显的慢反应。转录和翻译作为基因表 达必不可少的两个阶段，不仅慢而且涉及一系列的基元反应，它们被认为是延迟 反应。因此，基因开关体系中延迟作用是不可忽视的。虽然人们已经非常详细的 研究了涨落对基因开关稳定性动力学的作用，但是延迟作用于基因开关稳定性动 力学的研究还不是很深入。 本文，我们采用延迟随机模拟方法进行研究基因调控网络的主要模块一基因 开关。研究发现，当体系位于共存态(高表达态(蛋白质A或蛋白质B表达较 高的状态)与低表达态(蛋白质A和蛋白质B都表达较少的状态)共存)，在延 迟的影响下，共存态中的高表达态或低表达态会被抑制。另外，我们还观察到一 个临界点：即(口。，Tc)。当延迟时间，[T。，我们可以看到一个顺序的转变过程： 从高表达态到共存态的转变，进一步从共存态到低表达态的转变。当延迟时间 TT，，高表达态与低表达态能够相互转变。由于基因开关调控过程中存在转录 和翻译延迟，我们的研究可以为基因开关表达动力学的研究提供一种新的思路。 关键词：基因开关，双稳和多稳，时间延迟，随机模拟 万方数据 AbstractAbstract Abstract Abstract Synthetic biology is a new branch of life sciences．We can take advantage of synthetic biological technology to construct a kind of artificial gene regulatory networks(GRNs)in biological systems，which are used for engineering applications or scientific researches．Genetic Toggle Switch is one of gene regulatory networks (GRNs)，and it can present bistability or multistability．The study to Genetic Toggle Switch has both practical and theoretical important significance for understanding cellular unifonnization or difierentiation． Genetic Toggle Switch involves the subcellular level biochemical reactions．On one hand，gene expression is typical mesoscopic bioreactor system,where fluctuation effect is very significant．On the othe