遗传算法与药物分子设计.PDF

第 9 卷 第 4 期 化　学　进　展 V o l. 9 N o. 4 1997 年 12 月 PRO GR ESS IN CH EM ISTR Y D ec. , 1997 遗传算法与药物分子设计 赵善荣　蒋华良　刘东祥　陈凯先 ( 中国科学院上海药物研究所　上海 200031) 摘　要　本文对遗传算法及其近年来在药物设计中的应用进行了较为系统的介绍。遗 传算法非常适合解决组合优化问题, 它在柔性分子构象搜寻、药效基团推测、蛋白质结构预 测、分子对接、全新药物设计以及组合合成中都具有很大的应用潜力。 关键词　遗传算法　药物设计　分子设计 Genetic A lgor ithm and D rug M olecular D esign 　 　 　 Z hao S han rong J iang H ua liang L iu D ong x iang Chen K a ix ian (Shanghai In stitu te of M ateria M edica , Ch inese A cadem y of Sciences, Shanghai 200031, Ch ina) Abstract　T h is review describes genetic algo rithm and its app lication in drug m o lecu2 . lar design in recen t years Genetic algo rithm is particu larly fit fo r so lving com b inato rial . op tim ization p rob lem s It has a great po ten tial in confo rm ational search ing of flex ib le m o lecu les, pharm acopho re elucidation , p ro tein structu re p rediction , m o lecu lar dock ing, . d e novo drug design and com b inato rial syn thesis Key words　genetic algo rithm ; drug design; m o lecu lar design 一、引　言 自从达尔文的生物进化论被人们广泛接受以后, 生物的进化机制引起人们极大的兴趣。 自然界生物体通过遗传和变异, 按适者生存、不适者淘汰的自然选择规律, 不断进化, 对自然 界的适应能力越来越强。早在 60 年代, 美国密执安大学的John Ho lland 教授就开始对自然 进化的许多特征进行了细致的研究, 并在自然进化的启发下发展了遗传算法。1975 年, Ho l2 [ 1 ] 出版了他的一本颇有影响的专著《 》 。从 land A dap tion in N atu ral and A rtificial Sy