正式---生物信息学课件.ppt

生物信息学课件;讲述内容;一、生物信息学和我的实验室;生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学（Genomics）和蛋白质组学（Proteomics）两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。; 具体而言，生物信息学作为一门新的学科领域，它是把基因组DNA序列信息分析作为源头，在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测，然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。 基因组信息学，蛋白质空间结构模拟以及药物设计构成了生物信息学的3个重要组成部分。;主要研究方向;简单重复序列 简单重复序列(Simple Sequence Repeats，SSRs)也称微卫星序列(Microsatellites)或短串联重复序列(Short Tandem Repeats，STRs)，是由1-6个碱基对组成的串联重复DNA片段。SSRs在真核和原核生物的基因组中分布广泛、数量丰富, 并具有较高的突变频率。 如: (A)n、 (ACG)n、(ATCG)、(ACCCTT)n ;简单重复序列与人类疾病;我们实验是近几年发的文章;NCBI数据库;1、国外重要生物信息中心;NCBI;NCBI homepage;EBI;*;NIG;*;*;TIGR;基因图谱数据库 RHdb (辐射杂交; 人、鼠)，GDB (人类)，GeneMap (人类; NCBI) 生物医学文献数据库 MEDLINE3800多种生物医学期刊 (通过PubMed查询) SCI ISI提供的文献引用检索 (收费) 人类基因组相关数据库 GDB(人类基因组)， OMIM(遗传,变异) ，HGVbase [瑞典] (变异,双等位序列) 其他模式生物的基因组数据库 DOGS （ Database of Genome Sizes [丹麦] 综合） 线虫 ACeDB, Sanger 果蝇 FlyBase, Berkeley 小鼠 MGD, Japan 酵母 Stanford, MIPS 大肠杆菌 WISC DNA结构数据库 CUTG (Codon Usage Tabulated from GenBank, 密码子使用频度表) [日] EPD (Eukaryotic Promotor Database, 真核生物启动子数据库) [欧] TRANSFAC (真核生物基因表达调控因子的数据库) [德] RepBase (重复序列), MicroSatellite (微卫星), COMPEL (复合元件), MPDB (分子探针), NDB (晶体), VectorDB (载体), EID (外显内含子) ;*;NCBI介绍 ;NCBI ;它的使命包括四项任务：;NCBI数据库介绍 　　 Nucleotide 　　 美国国立卫生研究院GenBank。 Genome 　　 即基因组数据库，提供了多种基因组、完全染色体、 Contiged 序列图谱以及一体化基因物理图谱。 Pubmed 文献数据库。 Structures 　　 即结构数据库或称分子模型数据库(MMDB)，包含来自 X线晶体学和三维结构的实验数据。MMDB的数据从 PDB(Protein Data Bank)获得。 Taxonomy 　　 即生物学门类数据库，可以按生物学门类进行检索或 浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等。 …… 　　;Nucleot