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功能基因组学及其研究方法; 基因组(genome)是德国遗传学家H. Winkler在1920年将gene(基因)和chromosome(染色体)两个词缩合而创造的一个新词,意思是指染色体上的全部基因。几十年来,随着分子生物学的发展,其含义扩展为在个体水平代表一个个体所有遗传性状的总和,在细胞水平代表一个细胞所有不同染色体(单倍体)的总和,在分子水平代表一个物种所有DNA分子的总和。 ;基因组学(genomics);基因组学研究的最终目标;基因组学包括2-3个亚领域;结构基因组学;
HGP的内容就是制作高分辨率的人类遗传图和物理图,最终完成人类和其它重要模式生物全部基因组DNA序列测定。
自1990年开始实施人类基因组计划以来,在它的影响下,迄今已完成了400多个物种的基因组DNA序列的测定,其中包括流感嗜血杆菌、大肠杆菌、酵母、秀丽线虫等多个病原微生物和模式生物以及人类基因组的测序。;模式生物是指一类被深入研究旨在揭示特定生命现象普遍规律的生物物种。大多数生物学过程在长期的进化过程中是高度保守的,因此,许多生物学过程在大多数或所有的模式生物中都是类似的,模式生物也因此在生物学研究中具有不可替代的重要作用。 ; 人类基因 组计划
;基因定位
基因组作图
测定核苷酸序列;The E.coli genome;A portion of the E.coli chromosome showing genes and operons. A dot indicates the promoter for each gene or operon. Arrows and color indicate the direction of transcribtion: dark blue genes are transcribed left to right, light blue are transcribed right to left.Overlapping gene are shown in green.;功能基因组学 ;主要具体内容包括以下方面
(一)鉴定DNA序列中的基因
(二)同源搜索预测基因功能
(三)实验性研究基因功能
(四)描述基因表达模式
(五)蛋白质相互作用的模式
;(一)鉴定DNA序列中的基因
计算机对基因组序列(DNA序列)进行分析,包括鉴定和描述推测的基因、非基因序列及其功能。 ;根据序列分析搜寻基因 ;(二)同源搜索设计基因功能
同源基因在进化中来自共同的祖先,通过核苷酸序列或氨基酸序列的同源性比较推测基因组内相似功能的基因。;同源查询的依据;生物信息学(bioinformatics);DNA序列分析
基因结构域分析,包括启动子、转录因子结合序列、内含子、外显子、重复序列、开放读码框架等。
同源分析和检索,包括DNA数据库、EST数据库、STS数据库、Unigene数据库、Swissprot数据库等。;蛋白质的数据分析
蛋白质一级结构分析:
结构特点分析,包括等电点、信号肽、穿膜区、DNA结合序列等同源分析和检索,包括Nr数据库、Swissprot 数据库等功能区分析,包括Prosite、Emotif、Identify分析等。
蛋白质空间结构分析:
蛋白质晶体结构数据库检索,如PDB数据库。蛋白质空间结构预测,如Homology等软件分析。;(三)实验性研究基因功能
基因克隆
基因敲除(knock-out)
转座子插入突变
基因的超表达
反义RNA技术
RNAi
;基因克隆的策略;基因敲除技术(gene knockout)
通过基因工程的方法将一个结构已知但功能未知的基因去除,或用其他序列相近的基因取代(又称基因敲入,基因替换),然后从整体观察生物体,从而推测相应基因的功能。这种人为地把生物体某一种有功能的基因完全缺失的技术称为基因敲除技术。;基因替换
转座子诱变
整合突变
自杀质粒介导的缺失突变
;(四)描述基因表达模式
采用DNA微点阵进行整体基因表达谱--转录组分析;
采用蛋白质或多肽微点阵、改进的双向电泳结合飞行质谱技术分析蛋白质表达谱--蛋白质组分析。 ;转录组(transcriptome):
一个细胞内的一套mRNA转录物,包含了某一环境条件、某一生命阶段、某一生理或病理(功能)状态下,生命体的细胞或组织所表达的基因种类和水平。;转录组学的研究方法-DNA芯片技术;; Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)用于定量地、平行地分析大量的转录本。若要知道一种组织,器官或细胞的基因表达谱,首先从组织细胞里分离出短的诊断性Tags
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